Una de ellas está en Costa Rica y se ha vuelto característica de nuestra población. Está presente en el 14,5% de los genomas que se han secuenciado hasta el momento en el país (es decir, de los estudios genéticos que le han hecho al virus).

Esta cifra puede parecer baja, sin embargo, si se toman en cuenta las muestras analizadas a nivel mundial, esta mutación se observa en menos del 1% de los casos.

“En el mundo se ve en más o menos el 0,08% de las muestras analizadas. Contrastar eso con un 14,5% en Costa Rica es mucho”, resumió Jose Arturo Molina Mora, microbiólogo y doctor en Bioinformática que coordinó la publicación.

Los datos fueron publicados la mañana de este jueves en la plataforma de manuscritos o “preprints” bioRxiv. El hallazgo aún no ha sido revisado por pares (expertos en la materia que sopesan el documento y envían sus dudas para garantizarse el peso de la evidencia), por lo que los investigadores ticos continúan estudiando. Estos datos se consideran preliminares y aún no tienen el peso de un estudio publicado en revista científica.

Esta variante viral tica no es algo de lo que debamos preocuparnos. Los científicos detrás de este hallazgo confirman que no existe evidencia de que sea un tipo de virus que se transmita más fácilmente, ni que provoque manifestaciones más graves; tampoco que sea más mortal ni que esté relacionada con menos inmunidad después de recuperarse.

Tampoco hay evidencia de que vaya a tenerse problemas de efectividad en pruebas diagnósticas y vacunas.

“Las predicciones que hemos hecho con modelos matemáticos no nos indican que algo así vaya a suceder”, subrayó el especialista.

Simplemente se trata de un hallazgo científico que demuestra las capacidades de la ciencia costarricense: saber que nuestro virus tiene “una vestimenta diferente” y autóctona.

Las variantes en los virus son lo más normal, estos pasan en constante mutación (cambio genético). Y, en la gran mayoría de los casos, estos no modifican ni los síntomas, ni su agresividad, ni la letalidad del virus ni lo hacen más contagioso.

Por eso el caso de Reino Unido se estudia tan de cerca, aunque los investigadores ticos aclaran que dentro de lo analizado no se encontraron las variantes que han generado preocupación en las islas británicas. Tampoco se encontró una variante similar que preocupa a las autoridades de Sudáfrica.

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¿Qué sabemos de la variante ‘tica’?

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Molina explicó que se trata de una mutación llamada T117I, que se encuentra en la proteína espícula o espiga (o spike o S, en inglés) del virus.

Esta proteína es muy importante dentro del virus. Está en la superficie del virus y es la encargada de darle su forma de corona. La spike es la llave para entrar a las células humanas e infectarnos.

La posición que tiene esta mutación en la proteína sí lleva a cambios en S, pero no hay evidencia de que sean trascendentales para su acción en el cuerpo de las personas.

Esta mutación se encontró luego de estudiar los genomas (es decir el análisis a fondo gen por gen) del virus de 138 personas de todas partes del país que fueron infectadas entre abril y agosto. Los análisis corresponden tanto a laboratorios públicos como privados.

La mayoría de las personas son del Valle Central, dado que en esta zona se concentran la mayor cantidad de los casos.

“Tuvimos que hacer un corte a agosto para comenzar el análisis minucioso, pero hemos seguido secuenciando genomas. La idea es tenerlo sostenido durante el tiempo. De nada nos sirve hacer un montón de genomas en solo un mes, es mejor optimizar los recursos para hacer las secuenciaciones en el tiempo y ver cómo cambia el virus, esta es una vigilancia del virus en sí mismo”, expresó Molina.

Al realizar el estudio se encontraron 117 mutaciones. La mayoría de las muestras tenían entre cuatro y 18 mutaciones. Como es usual en los virus, se veían más mutaciones en las muestras de personas que se infectaron en agosto a las vistas en las muestras de abril o mayo.

De ellas, 106 se encontraron en solo una de las muestras por lo que no tenían un papel preponderante en el país.

Hubo otras, las más comunes en el mundo, que están presentes en el 98,6% de lo analizado por los ticos.

Pero al analizar la T117I y tratar de compararla con lo vista en el mundo, los científicos se encontraron con la sorpresa: casi no se reportaba en ningún país, y, donde sí se encontraba era una mutación muy rara.

“De más de 250.000 genomas secuenciados en el mundo que revisamos solo 142 genomas la presentaban (la mutación), de esos, 20 eran los aportados por Costa Rica (es decir, el 14% de todos los vistos en el mundo están en un solo país: el nuestro)”, especificó Molina.

Este trabajo continuará en el tiempo, este mismo tiempo dará la evolución del virus y dirá cómo se comporta. El equipo tico seguirá de cerca esta mutación para ver su comportamiento y si tiene algún tipo de implicaciones en un futuro.

El que haya un tipo de virus tan específico no quiere decir que este sea más contagioso, pues también habla de la dinámica de la población.

“Es una tríada: el virus, la persona, el ambiente. Entre más nos movamos, más puede reproducirse una mutación. En agosto había más libertades que en mayo, por ejemplo. Pero si yo recibo un diagnóstico y me aíslo seguramente no le pase mis mutaciones a nadie más”, expuso Molina.

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¿Cómo se confirmó esta nueva variante?

Desde hace meses, los profesionales costarricenses se han dedicado a secuenciar el genoma de distintas muestras del virus en el país. Esto es conocerlo “por dentro” analizarlo gen por gen. Descubrir la totalidad de su material genético. Es conocer su “huella digital”.

Imaginemos que el SARS-CoV-2 es un libro en forma de cadena curva y está compuesto por 30.000 letras que definen su material genético. Esta cadena está constituida por una combinación de los siguientes caracteres: A, C, G, U.

Nosotros queremos leer ese libro, pero está en un idioma que no conocemos.

“Los dispositivos actuales no pueden leer todo el genoma completo, pueden leer partes fraccionadas e ir poco a poco. Leen pequeños pedacitos, como si fueran piezas de rompecabezas y luego deben construirse. Una vez con el rompecabezas armado, se puede leer el libro”, explicó en una entrevista anterior Allan Orozco, director de Red Centroamericana de Bioinformática y miembro del Consejo de Bioinformática Clínica del Ministerio de Salud.

Una vez que se tienen diferentes libros traducidos (es decir, diferentes muestras de virus con su genoma codificado) se puede ver si hay cambios. ¿Cambiaron algunas palabras, o hay cambios incluso en párrafos o páginas completas que dan origen a nuevas variantes?

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'Traducir el libro' para leerlo y ver sus cambios

           

Para conocer cómo es el virus que está en Costa Rica y sus variantes debe secuenciarse el genoma, es decir, la totalidad de su información genética.

       

                       

                         

       

                       

           

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¿Cómo se obtienen las páginas de ese libro? De cada hisopado que se le realiza a una persona y es guardado en laboratorio se toma una muestra de donde se extrae el ARN del virus (allí es donde guarda la información genética) y se decodifica.

Los primeros genomas fueron codificados a finales de abril. A diciembre, estos números superaban los 150.

Conforme más información se tenga conforme pasa el tiempo, mejor se verá cómo cambia el virus dentro de nuestro país.

Esto también habla de la dinámica de la población y de las características del virus, de la población y de cómo interactúan.

“En mayo esta mutación no era tan normal y fue haciéndose cada vez más presente, en agosto era mucho más frecuente. Vamos a ver qué pasa después. El virus va a seguir mutando, va a seguir cambiando, esta mutación puede verse cada vez más o más bien puede bajar y darle paso a otras”, subrayó Molina.

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Utilidad para el sistema de salud

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¿Para qué sirve analizar el genoma de un virus? La utilidad es mucha. No solo se trata de conocer, con fines de interés científico, los linajes de virus que circulan, también pueden ser útiles en términos de medidas de salud pública.

Esto servirá para determinar, por ejemplo, si en algún momento el virus cambia en una región determinante para las pruebas diagnósticas, se podrá tomar la decisión de que estas “apunten” hacia otra sección del virus.

También sirven para seguirle la pista a posibles reinfecciones.

En el caso de vacunas, podría determinarse si en algún momento los cambios fueron suficientes como para que la que se tiene no funcione y deban buscarse otras opciones.

Para Molina, a nivel científico este análisis nos ha enseñado mucho. Él lo resumen en tres puntos importantes:

El primer punto se refiere a la coordinación interinstitucional: esto se logró gracias al trabajo de personas de diferentes centros de salud de la Caja Costarricense de Seguro Social (CCSS) y de laboratorios privados, del Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición Salud (Inciensa) y de la Universidad de Costa Rica (UCR).

“Si no está presente una de esas instituciones, esto no nos sale”, enfatizó Molina.

El segundo punto importante radica en todas las especialidades que están unidas para lograr este trabajo: los microbiólogos de la parte clínica que diagnostican a los pacientes, los especialistas en secuenciación viral, los virólogos y los bioinformáticos.

Y finalmente, esto también es señal de la tecnología con la que contamos en Costa Rica para secuenciar el genoma y luego analizarlo.

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