La variante ómicron del virus SARS-CoV-2, causante de la covid-19, es causa de preocupación a nivel mundial. El mundo está atento a una mayor posibilidad de transmisión y a los riesgos de una mayor reinfección y el escape de la acción de las vacunas. Para este sábado, 89 países alrededor del mundo han reportado su presencia. Costa Rica no es uno de ellos.
Sin embargo, es solo cuestión de tiempo para que se confirme su llegada. Esto no quiere decir que no haya ingresado ya, lo que sucede es que aún no ha sido confirmada por los análisis que se realizan constantemente para verificar la presencia de las distintas variantes en nuestro país.
La misión de diferentes entidades es buscar intensivamente a esta variante de preocupación (VOC, por sus siglas en inglés) para poder darle seguimiento y minimizar su impacto lo máximo posible.
En esta misión hay personal del Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición y Salud (Inciensa), de la Universidad de Costa Rica (UCR), del Hospital Nacional de Niños (HNN) y de los diferentes laboratorios clínicos públicos y privados.
La Nación conversó con el microbiólogo Hebleen Brenes, encargado del evento del SARS-CoV-2 en el Centro de Referencia de Virología del Inciensa (laboratorio que ve todos los virus respiratorios) y con Francisco Duarte, director del Laboratorio de Genómica del Inciensa, sobre los diferentes pasos que se hacen para estar “a la caza” de ómicron.
Duarte confirmó que los análisis de las últimas cuatro semanas indican que todas las muestras estudiadas corresponden a la variante delta. En las pruebas estudiadas no hay ni una sola de ninguna otra variante. Anteriormente habían aparecido otras variantes de preocupación (VOC, por sus siglas en inglés), como alfa, beta y gamma, o variantes de interés (VOI, por sus siglas en inglés), como lambda y mu, pero estas desaparecieron de las más recientes muestras. El poder de transmisión de delta barrió con las variantes anteriores.
Mientras tanto, se redoblan los esfuerzos por buscar de manera insistente ómicron. ¿Qué se hace?
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Vigilancia en el laboratorio
La vigilancia genómica comienza desde que las personas acuden a los laboratorios públicos y privados a realizarse una prueba diagnóstica. Un porcentaje de las pruebas que dan positivas son enviadas al Inciensa para su análisis. Ante el anuncio de ómicron, esta vigilancia se ha intensificado.
El momento epidemiológico que vive Costa Rica hace que, al tener tan pocos casos positivos y una positividad baja (porcentaje de pruebas positivas dentro del total de pruebas, en la última semana rondó el 3%), haya pocas muestras con las cuales trabajar, pero, a su vez, esto quiere decir que puede tenerse un porcentaje más representativo de las pruebas en el país. Anteriormente el porcentaje analizado era inferior a 1%. Al bajar el número de casos, este porcentaje ha ido subiendo, aunque los especialistas no precisaron a cuanto.
Brenes manifestó que no cualquier prueba positiva es candidata a análisis. Para ello, se requiere una cierta cantidad de carga viral (número de copias del virus, es decir, cantidad de virus en el hisopado). Las muestras tomadas cuando la persona ya tiene varios días con síntomas, por ejemplo, usualmente no presentan tanta cantidad de virus, por lo que no servirían para este estudio.
“La intensificación se hace comunicándose con los laboratorios. Se les contacta para recordarles la importancia de que nos envíen muestras”, expresó Brenes.
Hay muestras que se toman con carácter prioritario para estas pesquisas. Dentro de ellas están:
- Las personas que ingresan al país. Esto incluye a turistas y a nacionales y residentes que estuvieron fuera del país y manifiestan síntomas en los primeros 14 días posteriores a su ingreso. Esto es importante para “cercar” posibles casos infectados en el extranjero e importaran la variante.
- Focos o clústeres de infección en zonas determinadas. Brenes explica que, al ser ómicron tan potencialmente transmisible, un aumento inusitado de casos relacionados entre sí o en una zona determinada podría ser señal de aparición de la variante.
- Personas vacunadas o reinfecciones. Algunas de las mutaciones que contiene ómicron dan indicios de que podrían escapar a la protección generada por la infección natural o por las vacunas. Por ello, se le presta atención a este tipo de casos, ya que hay más probabilidades de que se trate de ómicron.
Sin embargo, el Inciensa recibe otro tipo de muestras positivas que no entren dentro de esta priorización para poder tener la mayor variedad posible.
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Tamizaje
Los especialistas indican que hay una ventaja en este momento de la pandemia: como hay una preponderancia tan marcada de la variante delta, lo primero que se hace con las muestras obtenidas del laboratorio es ver, a través de un análisis de PCR, si alguna de ellas tiene alguna característica genética que la diferencia de delta, es decir si tiene mutaciones que no pertenecen a delta. De este proceso se encarga el Centro de Referencia de Virología.
“Si usted tiene un grupo de 100 muestras y resulta que una o dos de estas no coinciden con el perfil de delta, hay mayores probabilidades de que sean ómicron. Lo primero es decir ‘no es delta’”, señaló Brenes.
Duarte indica que son pruebas presuntivas, es decir, les permiten determinar ciertas características del virus presente en esa muestra. Es un tamizaje molecular en donde se descarta delta y se ve si hay mutaciones o cambios o “marcas” genéticas propias de ómicron.
“Hay mutaciones de ómicron que no las tiene delta, pero sí otras variantes, como gama y alfa, entonces hay que analizar más allá”, señaló Duarte.
A esas muestras que son filtradas por el tamizaje que muestran algunas características específicas de ómicron se les debe hacer un análisis más profundo para confirmar o descartar que realmente lo sean. Hasta el momento, la preponderancia de delta no ha hecho necesario este paso siguiente.
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Escudriñar la genética del virus
Si se determinara que una muestra tiene algunas características compatibles con ómicron se realiza el paso definitivo. Llega al Laboratorio de Genómica, coordinado por Duarte y ahí se hace un análisis gen por gen del virus.
El genoma indica toda la “huella digital” del virus de manera detallada. ¿Cómo se hace esto? Podría hacerse una analogía con un libro. El SARS-CoV-2 es un libro con 30.000 letras, pero cada vez que se le saca fotocopia a ese libro y luego una fotocopia a la primera fotocopia y luego varias generaciones de fotocopias, va cambiando, las letras no se ven igual. Cuando se hace un análisis letra por letra se podrá determinar a qué tiraje de fotocopias pertenece el texto que tenemos en las manos.
Con la variantes es igual. Cada vez que un virus se replica genera cambios o mutaciones que ya están descritas, al analizar gen por gen se verán exactamente cada una de ellas. Entonces, si legan varias muestras con características de ómicron también presentes en alfa o gama, este análisis gen por gen determinaría de cuál variante se trata.
Cuando se halló delta (y las otras variantes de preocupación) en Costa Rica fue gracias a este análisis, y este será el que diga de manera definitiva que ómicron sí está presente.
Mientras tanto, ómicron podría estar ya en el país y se mantiene oculta, la búsqueda persiste de forma intensa para poderla captar lo más pronto posible, darle seguimiento y minimizar su impacto hasta donde sea posible.
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