El nuevo coronavirus que circula en Costa Rica no tiene el mismo genoma del hallado en China, país donde se originó.
Su composición indica más bien que este proviene de Estados Unidos y de otros clusters que han caído en otros países, como Alemania o Brasil.
Esta información que ya se encuentra publicada en la página nextrain.org, la cual recoge la filogenia (origen, evolución y desarrollo) de los diferentes organismos. Para la tarde de este jueves, 4.147 secuencias de diferentes partes del mundo se habían colocado en la plataforma. De ellas, solo Costa Rica, México y Panamá registran publicaciones hechas 100% en sus países.
La información del virus que se mueve en el país surgió del análisis de seis muestras tomadas a pacientes nacionales entre los 18 y los 62 años: cinco hombres y una mujer; tres de Alajuela, uno de Cartago, uno de Heredia y uno de San José.
Se trata de un estudio genómico, en otras palabras, conocer al virus íntimamente a fondo, gen por gen. Es decir, secuenciar todo su genoma (la totalidad del material genético).
El trabajo fue realizado por el Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición y Salud (Inciensa), adscrito al Ministerio de Salud.
Los resultados, dados a conocer en conferencia de prensa la tarde de este jueves, son apenas datos iniciales, pues Costa Rica prepara un análisis mayor del genoma del virus. Seis representan menos del 1% de la cantidad de casos de la enfermedad en el país, por lo que no permiten sacar conclusiones.
“Hace años, el Inciensa utiliza técnicas para ver a nivel de ADN cuáles son las características de estos microorganismos y pudimos aislar la molécula genética y la secuenciamos”, expresó Francisco Duarte, director de genómica del Inciensa, uno de los científicos a cargo del proyecto.
“Esto nos permite usar esa información para saber y relacionar los virus, de dónde son, si los pacientes comparten virus similares, si casos están relacionados, nos ayuda con el diagnóstico”, añadió.
De acuerdo con el ministro de Salud, Daniel Salas, esta es la primera vez que se realiza una secuenciación de un virus, anteriormente se había hecho con bacterias.
“La idea es hacerlo de forma consistente, estos apenas son los primeros casos”, dijo el jerarca.
De hecho, son solo seis casos de más de 700 pacientes que ha registrado el país y solo son representativos del Valle Central, por lo que la investigación debe aumentar en cantidad y variedad para ver cómo se comporta la variabilidad genética del virus en el país.
Seguir secuenciado es necesario porque el virus causante de esta enfermedad tiene una mutación constante. Estos cambios no son tan dramáticos como para que se necesiten miles de vacunas distintas (posiblemente sean dos, una por cepa definida hasta ahora) o que estas pierdan eficacia en muy poco tiempo.
Este nuevo virus no muta tan rápido como los virus de la influenza o el VIH. Un reporte de la Universidad de Edimburgo en la revista Science explica que el SARS-CoV-2 muta entre dos y cuatro veces más lento que la influenza.
Conocer al enemigo
No todos los virus causantes de covid-19 son genéticamente idénticos, saber cuál o cuáles circulan en Costa Rica es de mucha utilidad de cara a futuras vacunas o tratamientos muy específicos.
FUENTE: Nextrstrain, Christian Marín, virólogo; Allan Orozco, bioinformático || JUAN CARLOS ALPÍZAR Y WILLIAM SÁNCHEZ,INFOGRAFÍA / LA NACIÓN.
Conocer al enemigo para poder desarmarlo
Para hacer este proceso no es necesario aislar el virus de la muestra, según confirmó Duarte a La Nación. Se toma su material genético (ARN) y se transforma en ADN.
“El ARN es muy inestable, entonces se busca pasar a algo que sea un poco más estable, en este caso, el ADN, esto nos permite trabajar mejor”, indicó el especialista en genómica.
Desarmar al enemigo
Para conocer cuál cepa está en Costa Rica (o si están ambas) debe secuenciarse el genoma del virus, es decir, la totalidad de su información genética.
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Huella digital
El genoma nos indica toda la “huella digital” del virus muy detallada y esto permitirá tomar mejores decisiones.
Allan Orozco, director de Red Centroamericana de Bioinformática y miembro del Consejo de Bioinformática Clínica del Ministerio de Salud, hace una analogía de que se trata de traducir un libro en un idioma desconocido para poder leerlo.
“El nuevo coronavirus tiene un libro en forma de cadena curva y está compuesto por 30.000 letras que definen su material genético. Esta cadena está constituida por una combinación de los siguientes caracteres: A, C, G, U. Ese texto tiene una longitud de unas siete páginas tamaño carta con letra courier 10 a espacio sencillo. Debemos leer ese libro para conocer el genoma”, indicó el bioinformático.
Y añadió: “pero los dispositivos actuales no pueden leer todo el genoma completo, pueden leer partes fraccionadas e ir poco a poco. Leen pequeños pedacitos, como si fueran piezas de rompecabezas y luego deben construirse. Una vez con el rompecabezas armado, se puede leer el libro”.
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¿Por qué esto es importante?
La información obtenida permite, por ejemplo, tomar decisiones a nivel de políticas públicas de salud. Como lo señala el Inciensa en un comunicado, la ventaja de tener la secuencia ofrece las siguientes ventajas:
- Conocer la dinámica y la diversidad de la población viral, además de las rutas de transmisión en el país. Ver si su evolución y cambios son más lentos o más rápidos según lo visto en otros países o en zonas dentro del mismo país.
- Contribuir a proveer información que permita seleccionar adecuadamente futuras vacunas.
- · Robustecer las capacidades de análisis para la red nacional de laboratorios.
- Brindar información relevante para el Ministerio de Salud y los organismos internacionales (OPS/OMS).
- Asegurar la calidad de los diagnósticos de laboratorio, brindando información acerca de la variabilidad de los bancos genéticos utilizados en las pruebas moleculares para detectar el virus.
- Realizar la vigilancia genómica viral en Costa Rica, sin depender del envío de muestras a otros países.
- Establecer una plataforma para futuras colaboraciones con otros centros científicos nacionales y de otros países del mundo.
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