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Esta es una imagen ilustrada de la forma en la que se observa el nuevo coronavirus en un microscopio. Fotografía: AFP
¿Cómo es exactamente el nuevo coronavirus que circula en Costa Rica? ¿Su estructura genética se parece más a la vista en qué lugar del mundo? Esas son las preguntas que tienen trabajando a decenas de científicos de diferentes ramas en nuestro país.
Y para ello se disponen a conocer íntimamente a fondo, gen por gen. Secuenciar todo su genoma (la totalidad del material genético).
En este momento hay dos cepas principales del virus en el mundo: la L y la S; hasta donde la evidencia científica ha podido corroborar, ambas son igual de transmisibles y de agresivas, pero su genética es distinta. Como los virus son entes que mutan (cambia su genética constantemente) es necesario conocer el genoma del que circula (o los que circulan, si se hallara más de uno), en Costa Rica.
¿Con qué fin? El doctor en bioinformática Allan Orozco, coordinador de la Red Nacional de Secuenciación Genómica indica que esto podría ayudar a la toma de decisiones en materia del salud pública.
“No nos va a aparecer una sorpresa, el virus no cambia muchísimo o exageradamente, pero tener descrito cómo es el que está en nuestro país nos puede ayudar a tomar decisiones de cuál vacuna será mejor para nosotros (cuando ya haya vacunas disponibles), ver el seguimiento del comportamiento del virus en la población, saber su origen. Es tener una trazabilidad del virus en Costa Rica”, destacó Orozco, quien funge como enlace entre la comisión de laboratorios nacionales y el consejo de bioinformática clínica del Ministerio de Salud.
El equipo de trabajo incluye profesionales en microbiología, virología, genética, biología molecular, bioinformática, ingeniería, informática y tecnologías de la información, medicina, farmacia, genómica y nanotecnología.
La secuenciación del genoma es parte de un proyecto país. El esfuerzo es solo una parte de un programa más grande para que la ciencia costarricense tome diferentes áreas de la atención de la emergencia del covid-19.
Este programa incluye al Ministerio de Salud y la Caja Costarricense de Seguro Social (CCSS), pero también a la Universidad de Costa Rica (UCR), Universidad Nacional (UNA), Instituto Tecnológico de Costa Rica (Tec), Universidad Estatal a Distancia (UNED), Centro Nacional de Alta Tecnología (Cenat), Servicio Nacional de Salud Animal (Senasa), y Asociación Costarricense de Biotecnología y Dispositivos Médicos (CR Biomed), entre otros entes.
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Este es uno de los equipos que se utilizarán para la secuenciación genómica del nuevo coronavirus. Fotografía cortesía de Allan Orozco
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Conocer al enemigo
No todos los virus causantes de covid-19 son genéticamente idénticos, saber cuál o cuáles circulan en Costa Rica es de mucha utilidad de cara a futuras vacunas o tratamientos muy específicos.
FUENTE: Nextrstrain, Christian Marín, virólogo; Allan Orozco, bioinformático || JUAN CARLOS ALPÍZAR Y WILLIAM SÁNCHEZ,INFOGRAFÍA / LA NACIÓN.
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El virólogo costarricense Christian Marín señala que lo más usual en un virus es mutar. Al replicarse (producir copias de sí mismo) se producen “errores” que hacen que esa copia no sea idéntica si no que tenga cambios en su genética.
“Cada vez que un virus se replica se generan decenas de mutaciones. La mayor parte de estas ni suma ni resta a su agresividad o transmisibilidad, no la cambia, y si la cambia, usualmente los hace más débiles”, explicó Marín.
Y añadió: “es como hacer una fotocopia, de una fotocopia, de una fotocopia, de una fotocopia... si ves cada hoja fotocopiada tal vez entre una y otra no vayás a ver cambios, pero sí son diferentes, cuanto más distante este una copia de otra menos van a parecerse”.
Este nuevo coronavirus tiene la particularidad de que su genética no está en el ADN si no en el ARN. En los virus ADN, hay un sistema que, hasta cierto punto “corrige” los errores que les lleva a esta mutación. Esto no ocurre con los ARN, que no tienen este modo de corrección, por lo que su genética cambia más.
“Es más, si estamos contagiados con la enfermedad del virus vamos a tener copias con genéticas diferentes dentro de nosotros, es como si tuviéramos una nube, hay copias más hábiles para entrar a la célula, otras para infectar, otras para otras cosas, es como el pelotón de un equipo de ciclismo, entre todos se apoyan con sus habilidades”, señaló el virólogo.
Sí debemos tomar en cuenta que la gran mayoría de estas mutaciones son insignificantes en la acción del virus, por ejemplo, en la plataforma de taxonomía nextstrain la mañana del 31 de marzo había 2.434 genomas codificados.
Estos cambios no son tan dramáticos como para que se necesiten miles de vacunas distintas (posiblemente sean dos, una por cepa definida hasta ahora) o que estas pierdan eficacia en muy poco tiempo. Este nuevo virus no muta tan rápido como los virus de la influenza o el VIH.
Un reporte de la Universidad de Edimburgo en la revista Science explica que el SARS-CoV-2 muta entre dos y cuatro veces más lento que la influenza.
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Desarmar al enemigo
Para conocer cuál cepa está en Costa Rica (o si están ambas) debe secuenciarse el genoma del virus, es decir, la totalidad de su información genética.
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El genoma nos indicaría toda la “huella digital” del virus muy detallada y esto permitirá tomar mejores decisiones.
Orozco hace una analogía de que se trata de traducir un libro en un idioma desconocido para poder leerlo.
“El nuevo coronavirus tiene un libro en forma de cadena curva y está compuesto por 30.000 letras que definen su material genético. Esta cadena está constituida por una combinación de los siguientes caracteres: A, C, G, U. Ese texto tiene una longitud de unas siete páginas tamaño carta con letra courier 10 a espacio sencillo. Debemos leer ese libro para conocer el genoma”, indicó el bioinformático.
Y añadió: “pero los dispositivos actuales no pueden leer todo el genoma completo, pueden leer partes fraccionadas e ir poco a poco. Leen pequeños pedacitos, como si fueran piezas de rompecabezas y luego deben construirse. Una vez con el rompecabezas armado, se puede leer el libro”.
En Costa Rica se busca hacer todo ese proceso completo, hay ministerios de salud que los han enviado a hacer a otros países, otras naciones han hecho una parte y enviado otra al país.
“Aquí tenemos el equipo, los materiales y gente altamente capacitada”, puntualizó Orozco.
¿En cuánto tiempo se tendrá? Ya el trabajo de algunos grupos comenzó, pero antes de emprender la tarea se deben probar los protocolos de laboratorio y flujos de trabajo bioinformáticos. Esto puede tardar unos días antes de comenzar el trabajo mismo de secuenciación.
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