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Así se muestran algunos diferentes linajes de muestras del virus SARS-CoV-2, causante de la covid-19, analizados en la plataforma de nexstrain, que recoge análisis genómicos realizados en todo el mundo.
El Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición y Salud (Inciensa) anunció el 2 de octubre los primeros datos del análisis del genoma del virus SARS-CoV-2, causante de la covid-19 en 70 personas: 52 realizados por su personal y 18 por el convenio de la Universidad de Costa Rica (UCR) y el Instituto Charité de Berlín, Alemania.
Este análisis, que decodifica gen por gen el virus para conocerlo a fondo, se utiliza principalmente en la toma de decisiones en salud pública: si se conoce el virus y sus mutaciones (cambios en la genética), se sabrá si deben hacerse cambios en las pruebas diagnósticas, si hay reinfecciones (personas que se infectan más de una vez) o se definirá si las vacunas pueden ser útiles.
Pero, además, esto nos habla de cómo las dinámicas sociales también impactan las variantes de los virus.
La Nación conversó con Francisco Duarte, coordinador del Laboratorio de Genómica del Inciensa, sobre las implicaciones del genoma del virus.
“Nos permite ver, entre otras cosas, cómo evolucionan los linajes o familias de virus en el tiempo”, puntualizó el especialista.
Los análisis presentados tomaron en cuenta las infecciones de dos épocas muy puntuales: en las semanas epidemiológicas de la 10 la 17 (entre principios de marzo y finales de abril) y luego entre las semanas 23 y 27 (en el mes de julio).
El estudio de sus genomas indica que, para las muestras estudiadas, se encontraron siete linajes o familias del virus.
De ellas hay tres prioritarias, que son denominadas B1 (con el 49% de las muestras estudiadas), B1.5 (con el 21%) y B1.1 (con el 19%). Otros linajes estuvieron presentes entre el 1% y el 4% de las personas.
Estos linajes, y la forma en que han ido apareciendo también hablan del comportamiento de las personas, y hasta de las restricciones que hemos enfrentado.
“Al inicio, en marzo y abril, básicamente teníamos seis familias de virus muy distribuidas en todo el país, era más uniforme. Estuvieron muy relacionadas a esos casos personas que habían viajado al exterior. Entonces era más variado. Veíamos linajes que eran característicos de Estados Unidos, Europa (especialmente Francia y España), Puerto Rico, Argentina, Colombia”, explicó Duarte.
“En un segundo momento, los análisis de julio mostraron un linaje que antes no se vio: el B1.1. Y comenzó a verse primero relacionado con muestreos en zona norte, en los puestos de Tablillas y Peñas Blancas, pero después se comenzó a ver en el resto del país. En ese momento ya había restricciones a vuelos internacionales", especificó.
"Y es eso: el virus también habla de cómo nos movemos. En epidemiología, la migración ya sea desde fuera del país o a lo interno se ve, pero eso es parte del ser humano”, añadió.
¿Qué se analizó?
Esta es la segunda entrega de resultados que hace el Inciensa sobre el genoma del virus. La primera se hizo el 30 de abril.
Los investigadores tomaron en cuenta la mayor variedad posible de personas en Costa Rica: 46 hombres y 24 mujeres, de entre 4 y 89 años, dispersas en las siete provincias. Se analizó de personas recuperadas, pero también se estudiaron cuatro fallecidos, para determinar si los fallecimientos tuvieron relación con una posible cepa más agresiva.
¿Cómo se toma el análisis? A cada hisopado que se le realiza a una persona y es guardado en laboratorio se toma una muestra de donde se extrae el ARN del virus (allí es donde guarda la información genética) y se decodifica.
“La mutación de este virus es muy lenta en comparación con otros virus, como el de la influenza, sin embargo sí nos ha permitido ver la evolución de diferentes linajes”, expresó Duarte.
Y agregó: “lo más común en un virus es mutar, eso no debería preocuparnos. Ocurre y no podemos evitar que suceda, pero sí podemos darle seguimiento”.
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Desarmar al enemigo
Para conocer cuál cepa está en Costa Rica (o si están ambas) debe secuenciarse el genoma del virus, es decir, la totalidad de su información genética.
Muy pocas mutaciones, linajes ni más agresivos ni más benevolentes
Una de las conclusiones que se tienen para este grupo específico de muestras analizadas es que el virus tiene muy pocas mutaciones o cambios en su genética.
“De las 29.903 letras que componen el texto del ARN tenemos que, si tomamos en cuenta la cepa original de Wuhan, China, que es la llamada ‘cepa originaria’ hay cambios de un mínimo de cuatro letras y de un máximo de 11”, destacó Duarte.
“El virus ha cambiado, sí, pero el cambio no es sustancial. Sigue pareciéndose mucho al visto en Wuhan”.
Para el científico, estos cambios tan pequeños tienen varias explicaciones. Por un lado, el virus tiene solo unos meses, para cuando los análisis se hicieron este llevaba entre cinco y siete meses en el planeta, por lo que ha tenido poco tiempo para cambiar.
Por otro lado, sus mutaciones van a una velocidad menor que las del virus de la influenza.
Y, además, pese a lo contagioso que es, solo ha infectado a una proporción relativamente pequeña de personas en el mundo.
De las mutaciones vistas en Costa Rica hay varias buenas noticias. Por un lado, no hay evidencia de que este país tenga un virus ni más agresivo, ni más contagioso, ni más letal que los vistos en otras zonas del mundo.
“Cuando analizamos los fallecimientos vimos que no hubo ninguna cepa determinante en esto, las muertes tuvieron que ver con características del hospedero (la persona) o del ambiente, pero no del virus”, enfatizó el investigador.
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Utilidad
¿Para qué sirve analizar el genoma de un virus? La utilidad es mucha. No solo se trata de conocer, con fines de interés científico, los linajes de virus que circulan, también pueden tener utilidades en términos de medidas de salud pública.
Por ejemplo, algo de lo que se vio en las secuenciaciones hasta hoy es que ninguna mutación se ha dado en una zona clave para las pruebas diagnósticas del virus.
Duarte explicó que las pruebas PCR, que buscan si una persona tiene la genética del virus en su organismo, buscan específicamente una porción de la genética, y que si hubiera mutaciones en esta porción deberían hacerse cambios en los parámetros que busca el examen.
“Ha pasado en otros países, que han tenido que cambiar las regiones del virus que se usan para la detección”, subrayó el especialista.
También podrían ser útiles cuando lleguen las vacunas.
“Si usted es vacunado, pero después se infecta con el virus, un análisis genómico permitirá saber si la vacuna no fue eficaz por un problema en la vacuna misma, en el sistema inmunitario de la persona o si más bien hubo una mutación que afectó la acción de la vacuna y deban tomarse decisiones en ese sentido”, manifestó el científico.
Además, este tipo de análisis permitiría saber si se dan reinfecciones. Es decir, si una persona se infectó con el virus por segunda vez.
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70 muestras más ‘en el horno’
El equipo de trabajo del Inciensa es consciente de que deben analizar más muestras, pero ya trabajan en ello.
“Tenemos cerca de 70 más ‘en el horno’ (proceso de análisis), la idea es darle seguimiento en el tiempo para ver cómo evoluciona”, apuntó Duarte.
Pero también han mejorado la forma en la que se realizan los estudios: en la primera “corrida” (análisis) se lograron procesar seis muestras, en la segunda 24 y en una tercera 48.
Estas 70 muestras representan el 0,09% de los casos acumulados en Costa Rica. Sin embargo, el número tampoco debe ser muy alto. Los reactivos son caros, la capacidad es limitada y debe optimizarse.
En otros países con más población, más casos y más recursos solo manejan también han realizado análisis genómicos de una fracción muy pequeña de las muestras, dado que se requiere no solo de un alto nivel de especialización, si no que los reactivos son costosos.
“En Argentina se han hecho 400 genomas (para el 2 de octubre se anunciaron 765.002 casos acumuados, unas diez veces las de Costa Rica), en Colombia 128 (841.531 casos acumulados) y en Perú 230 (818.297 confirmados)”, concluyó.
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