Esta semana se confirmó la presencia en Costa Rica de la variante delta del virus causante de la covid-19.
Para comprobarlo se realizaron múltiples pruebas que estudiaron a fondo cada gen de las 16 personas, que al final resultaron tener esa temida variante. Llegar a esa conclusión, además, involucró a decenas de profesionales en áreas como la Microbiología, Bioinformática y Virología.
Todo fue coordinado por el Laboratorio de Genómica del Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición y Salud (Inciensa) con apoyo de la Universidad de Costa Rica (UCR) y del Hospital Nacional de Niños (HNN).
¿Cómo es este proceso? La Nación conversó con Francisco Duarte, director del Laboratorio de Genómica del Inciensa para conocer los pormenores.
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¿Qué se analiza?
La genética puede ser más compleja en unos virus que en otros. En el caso del SARS-CoV-2, causante de la enfermedad pandémica, se comienza a hacer un análisis más depurado, luego de meses de acercamiento que han permitido comenzar a conocerlo.
El genoma indica toda la “huella digital” del virus de manera detallada. Con base en esa información se pueden tomar mejores decisiones para enfrentarlo.
De acuerdo con Duarte, este proceso tiene dos partes, el primero es de carácter de laboratorio, el segundo es de bioinformática.
El primero comienza desde que se toma una muestra a una persona para tener un diagnóstico de si es positivo o no al virus. De todas las pruebas positivas se selecciona un pequeño porcentaje que se analizará a fondo.
En este momento, esta etapa tiene un componente que no se tenía hace unos meses y la agiliza: ya hay pruebas específicas que detectan variantes específicas y ahorran hacer un análisis completo gen por gen.
Estas pruebas detalladas “buscan” tres de las variantes de preocupación (VOC), que, por sus características de transmisión o comportamiento ya eran seguidas de cerca: la alfa (vista por primera vez en Reino Unido), la beta (surgida en Sudáfrica) y la gama (detectada en Brasil).
De esta forma, cada vez que se tienen muestras, primero se pasan por estas pruebas que determinan si se pertenece a una de estas VOC. Así se determinó, por ejemplo, que las variantes alfa y gama se volvieron mayoritarias en las últimas semanas.
Fue también por esa vía como se encontró a delta: todo lo que da negativo en estas pruebas específicas es sometido a un análisis genómico completo. Y, así, este análisis dio con las mutaciones que hacían característica a delta.
Igualmente, se determinó cómo la llamada “variante tica” ya desapareció casi del todo de los análisis.
Para Duarte, esto último también cuenta la historia del virus en nuestro país y de las dinámicas de comportamiento.
“Nuestro país estuvo muy cerrado a viajes internacionales durante muchos meses, todo era más autóctono y por eso era fácil que surgiera una variante nuestra, al abrir más, las VOC, que son más contagiosas, pasaron a dominar más”.
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Los avances
El mejor conocimiento del virus y de la técnica, así como mayor cantidad de recursos han permitido avanzar.
Al inicio de la pandemia, en abril del año pasado, se lograron los primeros seis genomas completos, luego se hicieron 24 y después 48. El 2020 finalizó con cerca de 200 análisis.
En lo que se lleva de 2021 se han dado 600 análisis.
“En menos tiempo hemos tenido tres veces la cantidad de genomas.
“Empezamos probando diferentes protocolos en los laboratorios, las diferentes técnicas y los diferentes reactivos para ver los que dan mejores resultados en cada condición, no es que te ‘casás’ con un solo protocolo”, manifestó.
Posteriormente, conforme la enfermedad fue evolucionando dio pautas de cómo se debía proceder.
El especialista explica que, por ejemplo, cuando se confirmó la variante alfa en Reino Unido se analizó a quienes tenían historia de viaje a esa zona. Lo mismo sucedió cuando comenzó a hablarse de la gama, en Brasil.
Otro filtro eran brotes no esperados en determinadas zonas o presentaciones extrañas de la enfermedad.
Ahora, con las pruebas más específicas para las VOC, esto agiliza la búsqueda más a fondo de la variante delta u otras que puedan surgir a futuro.
Cristian Pérez, microbiólogo del HNN, manifestó que en este momento hay dos intenciones con la vigilancia genómica. Una es tener una muestra representativa de los casos del país.
La otra va hacia grupos más específicos como los ya mencionados por Duarte, pero que también pueden incluir a los infectados ya vacunados, a los que tienen problemas inmunitarios y a las reinfecciones.
Esto permitirá tener una mejor idea del virus que circula en nuestro país.
En este momento, se realizan de 100 a 200 genomas por mes de casos detectados en todo el país. Se espera conseguir más recursos para llegar a los 500 mensuales.
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A futuro
El científico es consciente de que Costa Rica no puede alcanzar la meta de algunos organismos de secuenciar el genoma del 1% de los casos. Esta idea nació en la comunidad europea, en países con características muy diferentes a las nuestras.
“No vamos a comparar la capacidad de producción de Costa Rica con la de Reino Unido, que tiene cómo alcanzar esa cuota”, puntualizó.
Por esta razón, indica, no pueden destinarse todos los recursos a “seguirle la pista” a delta, sino también a otras variantes de preocupación que puedan surgir.
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Como un libro
Para Allan Orozco, director de Red Centroamericana de Bioinformática, escudriñar un virus es como la traducción de un libro en un idioma desconocido.
“Este libro está compuesto por 30.000 letras que definen su material genético. Cada página está constituida por una combinación de los siguientes caracteres: A, C, G, U. Debemos traducir y leer ese libro para conocer el genoma”, expresó el bioinformático en una entrevista, semanas atrás.
Cada vez que el virus se replica va cambiando, como cuando se sacan muchas fotocopias de fotocopias anteriores y la hoja se deja de ver igual.
Estos cambios son los que determinarían las variantes.
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