Luego de un severo bombardeo asestado por las Chivas contra el arco chileno, a los 22 minutos el mexicano Xavier Báez marcó la apertura con un remate que se le fue por debajo del cuerpo al portero local, Miguel Pinto.
A los 54 minutos el equipo azteca marcó el 2-0 y aseguró su clasificación, cuando Jonny Magallón batió con un puntazo a Pinto tras recoger un rebote de éste.
Las Chivas controlaron la mayor parte del partido, armándose bien ofensivamente, tomando la iniciativa, cerrándole los espacios a la U de Chile, que tardó en despertar y le costó mucho defenderse.
A pesar de que sufrió dos goles, el portero Pinto tuvo una destacada actuación y salvó a los locales de una catástrofe.
Los chilenos tuvieron tres claros intentos durante los últimos minutos del primer tiempo, con dos remates que dieron en los palos y el último, de Walter Montillo, desviado por Luis Mitchel en una gran atajada.
Las Chivas de Guadalajara, que en la ida habían empatado 1-1, avanzan por primera vez en su historia a la final de la Copa Libertadores, en la que enfrentarán al vencedor de la serie entre los brasileños Inter de Porto Alegre y Sao Paulo, que se definirá el jueves.