El equipo de Bettini, Quick Step, elevó una protesta formal contra la decisión. En medio de la confusión, el triunfo de etapa fue para el italiano Luca Mazzanti.
La jornada entre Giffoni Valle Piana y Frosinone, culminó con una ácida polémica.
Bettini, líder de la general y vencedor de la primera etapa, se impuso en los últimos metros de un embalaje en el que Cooke sufrió una aparatosa caída cuando intentaba progresar por la izquierda de Bettini.
El italiano, campeón olímpico en Atenas 2004, iba por delante y cerró a Cooke en su progresión, provocándole la caída, según estimaron los jueces de carrera.
Aunque no llego a tocarlo, fue suficiente para que el australiano se fuese al suelo y tuviese que cruzar la línea de meta andando.
En un principio, los jueces descalificaron a Bettini, lo que suponía su expulsión del Giro. Pero, Sin embargo, tras la protesta de Quick Step, la descalificación fue revocada y se decidió que ocupara la cuarta plaza.
Bettini mantiene la maglia rosa de líder por delante de Danilo di Luca, a 13 segundos.
El jurado podría decidir una posible sanción en forma de tiempo contra el campeón olímpico.
Mazzanti fue el gran favorecido y el ganador de la etapa por delante de sus compatriotas Dario Cioni y Michelle Scarponi, del equipo español Liberty Seguros.
Los favoritos Damiano Cunego, Stefano Garzelli, Ivan Basso y Paolo Savoldelli cedieron cuatro segundos por el corte que provocó el ataque de un pletórico Bettini en los últimos metros.