El sistema ferroviario costarricense surgió como respuesta a las necesidades de la economía agro-exportadora de finales de siglo XIX, que requería vías de comunicación y medios de transporte eficientes para el desarrollo cafetalero incipiente. La construcción del ramal al Atlántico se dio a partir de 1870 con la participación del inversionista Minor Cooper Keith. En 1884, a cambio de financiar la nueva línea y dar por terminado el ferrocarril, el Estado cedió los derechos del mismo por 99 años a Costa Rica Railway Company, empresa de Minor Cooper Keith. La empresa inglesa. En 1900 surge Northern Railway Company, empresa inglesa con negocios en el país como el desarrollo de ramales ferroviarios y la producción bananera. En 1901, ésta pasó a ser parte de United Fruit Company así como las vías férreas que poseía. En 1905 se une a Costa Rica Railway Company y consolida el monopolio de los ferrocarriles y de la explotación bananera en una empresa: Northern Railway Company.Como el ferrocarril solo llegaba a la zona atlántica, el Estado gestionó la construcción de un ramal para comunicar San José a Puntarenas.
En 1897 firmó un contrato con John Casement para realizar la obra, ésta no fue concluida por Casement, se contrató entonces a Warren Hnowlton quien la terminó en 1910. Se le llamó Ferrocarril al Pacífico y fue construido con fondos nacionales. Se electrificó en 1932. Institución autónoma. En 1953 se fundó el Instituto Autónomo del Ferrocarril Eléctrico al Pacífico para administrar el ferrocarril; desde ese año adquirió el status de institución autónoma, en 1972 cambió a Instituto Costarricense de Puertos del Pacífico. Esa entidad asumió la administración del Ferrocarril al Pacífico, el administrado por la Northern pasó al Estado a través de la Junta de Administración Portuaria y de Desarrollo de la Vertiente Atlántica.
Posteriormente el Ministerio de Obras Públicas y Transportes intervino los ferrocarriles nacionales, desde entonces fueron administrados por la empresa estatal Ferrocarriles de Costa Rica. Crisis ferroviaria. Al final, la fusión de los ferrocarriles no se dio, ambos tenían su propio personal, talleres, equipos, sindicatos, etc. También afectó la ausencia de un proyecto nacional en materia ferroviaria acorde a las nuevas necesidades del país, aparte del abandono del sistema ferroviario por parte de los diferentes Gobiernos.En 1985 se creó el Instituto Costarricense de Ferrocarriles. En 1991 la crisis ferroviaria llegó al clímax cuando cesaron 697 trabajadores y se dio una progresiva suspensión de los servicios de carga y transporte de pasajeros, que culminó con el cese de operaciones en 1995 por una directriz del Estado.El sistema ferroviario costarricense, pilar del desarrollo del país desde finales del siglo XIX, hoy solo opera para transporte de pasajeros de Heredia a San José y de Pavas a Curridabat. La posibilidad de que el servicio sea ampliado mediante inversión del Estado es remota, las prioridades de inversión del país no están en el tren. La carga. La red vial nacional ha sido devastada por la carga que en muchos casos podría ser transportada por tren, las vías de la Gran Área Metropolitana colapsan por la gran cantidad de vehículos que circulan a falta de transporte público eficiente. Ambos servicios se brindan en el resto del mundo generalmente a partir del tren.Hoy el sistema ferroviario debe ser reactivado y su cobertura debe ser ampliada al resto del país, incluso si ello involucra volver a un modelo de concesión que sí ha sido exitoso, el tren fue posible en Costa Rica gracias al empuje e inversión del sector privado. Debacle con el Estado. Si repasamos la historia, la debacle del sistema ferroviario se inició cuando los trenes pasaron a manos del Estado.
Alajuela 2015 plantea una iniciativa privada para reactivar el servicio de tren para traslado de pasajeros y de carga. En este caso la inversión privada puede ayudar al Estado para poner a operar de nuevo el sistema, nada más se requieren reglas claras y voluntad política para despertar del letargo al sistema ferroviario.