Dotado de un espíritu curioso y chismoso, en su Diario Pepys pone al desnudo sin vacilar sus más sorprendentes debilidades, y se muestra alternativamente austero y malicioso, serio y burlón, "mas o menos atractivo en sus defectos que en sus -raras- buenas cualidades" dice Lepore Epifanía.
En el Diario registró con absoluta fidelidad los acontecimientos ocurridos desde el 1° de enero de 1660 hasta el 31 de mayo de 1669 en el Almirantazgo y en las antecámaras del palacio. Parece que comenzó a escribirlo como simple crónica "defensiva" ante las incertidumbres del momento político; pero con el paso de los años se convirtió en el auténtico confidente secreto de Pepys hombre. Mantuvo por ello un carácter de absoluto secreto, fue escrito en cifra, con palabras extranjeras y signos convencionales solo comprensibles para el autor, que llenó así seis volúmenes de caracteres estenográficos, con más de ocho mil páginas y 800.000 palabras. Quedó interrumpido por un debilitamiento de la vista del autor, quien lo legó en herencia al Magdalene College; permaneció ignorado hasta 1819, cuando fue transcrito e interpretado por John Smith; se publicó en Londres en 1825.
Pepys nació en Londres y fue hijo de un sastre. Disfrutó de las ventajas de una cuidadosa educación y ganó una beca del Magdalene College de Cambridge. Fue secretario de Edward Montagu, en cuyo círculo y bajo cuya protección se inició en la política. En 1669 pasó al Ministerio de Marina, donde defendió valerosamente las actuaciones ministeriales de las acusaciones que le hacía el Parlamento, por algunos fracasos de la flota inglesa.
En 1683 participó en la expedición de lord Darmouth a Túnez. Presidente de la Royal Society, de nuevo secretario del Almirantazgo de 1684 a 1689, fue encarcelado en 1690 bajo la acusación de conspiración. Puesto en libertad se retiró a la vida privada, repartiendo el tiempo entre las actividades prácticas en el Hospital Christs y en otras instituciones sociales, con sus aficiones culturales pues era musicófilo, anticuario y coleccionista de baladas antiguas. Falleció en Londres.
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