Nació en Kompong. Su verdadero nombre eran Saloth Sar. Tras una estancia en Francia, donde cursó estudios y se desempeñó como profesor, regresó a Camboya y fundó un partido de inspiración comunista, que fue conocido como los Jmeres rojos, porque profesaba el ideario e impulsaba la glorificación de la civilización Jmer que había florecido antiguamente en el país. Desde muy joven tomó parte en los movimientos de resistencia liderados por Ho Chi Minh; en 1962 accedió a la secretaria general del Partido Comunista Jmer, y en 1964 se unió a los comunistas de inspiración china que luchaba contra el dominio colonial francés en el sudeste asiático. El movimiento por él liderado asentó su base de poder entre el campesinado, en consonancia con una ideología que despreciaba la vida urbana y pregonaba la "pureza" de la vida rural.
La guerra de Vietnam y los bombardeos estadounidenses sobre Camboya (para cortar las vías de abastecimiento del vietcong), levantaron entre la población campesina una oleada de indignación que fue capitalizada por los jmeres rojos; éstos luchaban por desestabilizar al gobierno del presidente y general Lon Nol, acusándole de tener el apoyo de Estados Unidos a cambio de permitir la extensión de la guerra de Vietnam a todo el sudeste de Asia.
En 1975 los rebeldes lograron su objetivo y derrocaron al gobierno de Lon Nol. A partir de entonces y durante los 4 años siguientes, Pol Pot como autoridad suprema en Camboya instauró un régimen de terror y desató una extremada represión; los centro urbanos fueron vaciados y sus pobladores trasladados al campo en condiciones infrahumanas; cerca de dos millones de camboyanos murieron a causa de las torturas, la inanición o el simple asesinato, mientras Pol Pot decía estar experimentando para crear un "hombre nuevo".
En 1979 Vietnam invadió Camboya y obligó a Pol Pot a huir a las montañas, desde donde llevó a cabo una guerra de guerrillas. A lo largo de los siguientes años se difundió en varias ocasiones la falsa noticia de su muerte. En 1977 fue detenido y juzgado por sus propios partidarios, que lo condenaron a cadena perpetua. Murió un año más tarde, cerca de la frontera tailandesa.