Nació en Sevilla, en familia humilde. De oficio batidor de oro, abandonó esta ocupación no se sabe en qué fecha, para dedicarse al teatro. Hacia 1537 se unió a un grupo de comediantes italianos, de quienes se separó para fundar una compañía propia, con la que se estableció en Valladolid y después en Segovia, Valencia, Toledo, Madrid y Sevilla. Gozando del favor de toda clase de público, con gran éxito representó en palacios e iglesias, tanto como en corrales y patios. Escribió en prosa sus primeras comedias , Eufemia , Armelina , Los engañados , Medora , en las que se aprecian influencias de Boccaccio, Plauto y autores italianos coetáneos, y en verso tres comedias de escenas breves en las que se presentan gran variedad de tipos, Comedia llamada Discordia , Cuestión de amor y La farsa del sordo .
Su gran creación la constituyen los pasos, procedentes sin duda del entremés, e intercalados en las comedias en prosa para entretener al público con una representación de trama sencilla y rápido desenlace, cuya gracia reside en la comicidad de las situaciones y los personajes. Algunos de estos pasos fueron publicados independientemente; entre ellos destacan Las aceitunas , La carátula , El convidado , Cornudo y contento y Pagar y no pagar . De gran realismo y tono siempre popular, presentan a una serie de personajes típicos, como el de la criada negra, la gitana y el bobo.
Timoneda publicó sus obras en tres volúmenes, en los que, aparte de los géneros citados, incluyó algunos coloquios pastoriles tanto en prosa como en verso. En ellos destaca el uso ágil del diálogo y la contraposición entre pastores reales y ficticios. Rueda falleció en Córdoba.