Nació en Ahualuco, San Luis Potosí, donde inició sus preparación artística. Siendo muy joven compuso una Misa , y con el premio que obtuvo se trasladó a la capital, en cuyo Conservatorio Nacional de Música y Declamación continuó sus estudios. En 1889 lo oyó tocar y escuchó obras suyas el presidente Porfirio Díaz, y, como reconocimiento, le concedió una beca que le permitió trasladarse a Europa. Ingresó al Conservatorio de Gante y tuvo por profesores a Kimmer y al famoso violinista Ysaye. En el Real Conservatorio de Leipzig estudió composición y dirección. En 1905 regresó a México ; el presidente Díaz le regaló un violín Amati y lo nombró inspector musical. Entre 1906 y 1908 ofreció giras de conciertos por todo el país.
Profesor en el Conservatorio de México, en 1909 fundó la Orquesta Sinfónica Beethoven, de la que fue director, y formó un Cuarteto de cuerda. En 1915 se trasladó a Nueva York y dirigió la Orquesta Sinfónica América; también estuvo al frente de la Filarmónica de Filadelfia y de la Orquesta de La Habana.
La invención del sonido 13 le dio celebridad. Uno de sus biógrafos opina: "En realidad, se trata de una experimentación sobre el microtonalismo. El mérito de su invento es menor por la novedad -pues tuvo antecesores- que por la forma de llevarlo a la práctica, apoyado en un desarrollo teórico completo, en el que demuestra la lógica necesidad de nuevas formas y notaciones musicales, y por la invención de nuevos instrumentos de todas clases, entre ellos 'pianos metamorfoseadores', de los cuales legó 17 al castillo de Chapultepec. Su hija Lolita, notable pianista, fue la primera en dar a conocer el nuevo instrumento , a cuyo efecto acompañaba a su padre en las giras".
Algunos de sus escritos teóricosson:Tratado sintético de armonía, Discursos sobre la música, Pre-sonido 13, Génesis de la revolución musical del sonido 13, Cartas musicales técnicas, Tratado científico de la armonía.Falleció en México.