Nació en Praga, en familia obrera. Criado en un ambiente proletario, ingresó en el partido comunista cuando tenía 20 años. Publicó sus primeros títulos En antena de la TSF, El ruiseñor canta mal y La paloma viajera en 1925, 1926 y 1929, respectivamente. En estos volúmenes supo compaginar su militancia política con los postulados iconoclastas del grupo vanguardista Devedsil. Desilusionado del comunismo, en 1929 renunció a la militancia en el partido.
En 1928 se casó con María Ulrychova ; la temática de sus poemas varió radicalmente y comenzó a abordar asuntos relacionados con el amor y la naturaleza; adoptó un aire más intimista y melancólico y recreó la musicalidad de las formas y rimas populares. Con Las manos de Venus obtuvo el Premio Nacional en 1936.
Durante la segunda guerra mundial, cuando su país fue ocupado por las fuerzas nazis, permaneció en Praga y escribió bellísimos poemas de elogio a la ciudad . Al concluir el conflicto bélico su producción se tornó elogiosa de la Unión Soviética, aunque contraria a los excesos del stalinismo. Obtuvo un segundo Premio Nacional en 1954 con Madre y en 1966 fue designado artista nacional.
Expresó que los escritores de Checoslovaquia debían ser la conciencia del mundo y gozar de mayor libertad personal, y por ello su obra fue oficialmente calificada de decadente. Durante la "primavera de Praga" lideró el Sindicato Nacional de Escritores; al ser aplastado por la invasión soviética el movimiento libertario, los nuevos dirigentes checoslovacos retornaron a un comunismo ortodoxo y disolvieron el sindicato en 1970. Seifert se negó a formar parte de un nuevo Sindicato de Escritores oficialista, y estampó su firma en la petición de respeto a los derechos humanos denominada Carta 77 .
A partir de los años 60 recuperó el verso libre y afrontó la meditación de la muerte, consiguiendo su tercer Premio Nacional de Literatura con Concierto en la isl a. Sus últimos títulos fueron El paraguas de Picadilly y Todas las bellezas del mundo . Falleció en Praga.