Nació en Jerez de los Caballeros, en familia hidalga. En 1514 participó en la expedición de Pedro Arias de Avila (Pedrarias Dávila) al Darién. Con Fernández de Córdoba salió de Panamá para conquistar los territorios vecinos. En Nicaragua demostró valor, inteligencia y condiciones de caudillo , y cayó prisionero del rebelde Gil González Dávila. Era regidor en León cuando Francisco Pizarro, habiendo tenido noticias del valor que lo caracterizaba, envió un emisario para que lo convenciese de participar en la conquista de Perú. Embarcado en esa empresa, fue Soto el primer español que habló con Atahualpa en carácter de embajador, y convenció al monarca inca para que se trasladase a Cajamarca.
En este capítulo de su vida el escritor peruano Ricardo Palma rinde homenaje a Soto por el comportamiento caballeresco que observó con el monarca vencido; mas, fue enviado a una misión con Diego de Almagro, y cuando regresó al lado de Pizarro ya Atahualpa había sido ejecutado. Este hecho fue censurado por Soto, que regresó a España en 1536.
Casado con una hija de Pedrarias, obtuvo los nombramientos de gobernador de Cuba y adelantado de la Florida, y volvió a América con una flota de 10 navíos y cerca de mil soldados. Un año después, dejando la gobernación de la isla en manos de su esposa, marchó hacia Florida llevando 700 hombres, con la intención de explorar nuevos territorios. En el recorrido tuvo que vencer grandes dificultades y librar rudos combates con los indios; pero descubrió y exploró la mitad oriental del actual territorio estadounidense , y llegó hasta el Missisippi, que cruzó cerca de donde se encuentra hoy la ciudad de Memphis, en 1541.
Dando un amplio rodeo alcanzó las fuentes del río Rojo. Poco después, cayó gravemente enfermo, víctima de fiebres palúdicas, y murió. Sus compañeros excavaron el tronco de un árbol para que sirviera de ataúd a su cadáver y, con objeto de que éste no fuera profanado por los indios, lo arrojaron a la corriente.
Los expedicionaron que le sobrevivieron sufrieron terribles penalidades y muchos de ellos murieron a causa de las fatigas, las enfermedades y los ataques de los indios; en número cercano a 300, después de vagar durante un año en busca de El Dorado, llegaron a la colonia española de Panuco en 1543.
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