Refiriéndose a su labor, el periódico La Nación de Lima, Perú, dijo: "En Guatemala no se puede hablar de protección a la infancia sin referirse a Ernesto Cofiño, el hombre extraordinario cuyo talento y corazón está realizando en su país una de las más hermosas y trascendentales transformaciones en la asistencia al niño. Padre de la Pediatría en su país, es no solo el iniciador de la asistencia especializada al infante desde el punto de vista médico; es también el infatigable propulsor del Servicio Social. Para él, el niño es algosagrado, por cuyo bienestar material y espiritual deben unirse todos los esfuerzos."
Nació en Ciudad de Guatemala. Pasó la infancia en Antigua, donde su padre fundó una empresa eléctrica. Durante la tiranía de Estrada Cabrera, su familia fue víctima de violencias y persecuciones, y su padre fue encarcelado por motivos políticos durante año y medio. Alumno del Instituto Nacional Central para Varones, se graduó en 1917. Viajó a París y estudió en la Facultad de Medicina de la Sorbona; se graduó de médico y cirujano en 1929, mereciendo medalla de plata. Ganó por oposición las plazas de practicante y médico interno en París.
De nuevo en Guatemala, consagró su vida al servicio de sus semejantes. Fundó la cátedra de Pediatría de la Universidad de San Carlos, dirigió la Sociedad Protectora del Niño, fundó y dirigió la Colonia Infantil San Juan Sacatepequez para niños tuberculosos, construyó un jardín infantil para los hijos de mujeres vendedoras del mercado, fue director de guarderías y comedores infantiles, y defendió incansablemente "los sagrados derechos de los pacientes".
Auténtico humanista, esposo y padre de familia admirable, su proyección en el campo cívico estuvo siempre impulsada por un profundo sentido ético y solidario con los débiles, hasta el punto de que recibió ataques tanto de la izquierda como de la derecha. Falleció en Ciudad de Guatemala.
La razón y la fe, el amor a Dios y al prójimo, especialmente al enfermo y al más necesitado, fueron la luz y el impulso de su vida. El proceso de su causa de canonización en su fase diocesana finalizó en Guatemala en 2001 y se continúa en la Congregación para la Causa de los Santos, en Roma.