Aventurero, soldado y político italiano. La historia lo recuerda como pérfido y licencioso; no obstante, posiblemente su conducta fue similar a la de muchos de sus contemporáneos. Se dice que inspiró a Maquiavelo en su obra El Príncipe. Nació probablemente en Roma, hijo del cardenal Rodrigo Borgia (quien ocupó el solio pontificio con el nombre de Alejandro VI) y de Julia Farnesio; en 1480 fue "absuelto" de la ilegitimidad de su nacimiento por el papa Inocencio VIII. Soldado audaz y sin escrúpulos, fue hábil diplomático, el principal instrumento de su padre, quien empleó los poderes temporales del papado para extender las posesiones de los Borgia a expensas de los Orsini, Colonna y otras nobles familias italianas. Algunos historiadores sostienen que César fue el inspirador y su padre el hombre de paja. De cualquier forma, es cierto que en la época de Alejandro VI, los Borgia medraron a costa de los bienes de la Iglesia y de sus rivales.
En 1492, siete días después de que Alejandro fuera coronado papa, César fue nombrado arzobispo de Valencia; continuó residiendo en el Vaticano y alcanzó el capelo cardenalicio un año después; pero su carácter no se acomodaba a las órdenes religiosas y menos a la dignidad de cardenal, por lo que se acordó en 1498 dispensarle de las obligaciones y enviarlo como legado pontificio a Francia. Un año antes había estado involucrado en el asesinato de su hermano Juan, duque de Gandia, porque -según se dijo- recelaba de la influencia que ejercía este sobre su padre.
Cuando Alejandro anuló el matrimonio de Luis XII, César fue recompensado con el nombramiento de duque de Valentinois. Al mando de tropas francesas y con el apoyo papal efectuó la conquista de la Romaña, región que había rehusado aceptar la supremacía pontificia. Luego derrotó a los Sforza y Malatesta, intervino en la muerte de los dos príncipes de Faenza, y acompañó a Luis XII en la ignominiosa invasión de Nápoles. Apareciendo como defensor de los derechos temporales de los papas tomó Urbino y Camerino; más en realidad planeaba crear para sí mismo un gran reino. La muerte de su padre -posiblemente por envenemiento- en 1503, puso fin a su ambición.
En 1504 fue vencido por una coalición de sus enemigos. Apresado por el nuevo papa Julio II, fue obligado a devolver a la Iglesia todas sus posesiones, y se le envió a España al cuidado de Gonzalo de Córdoba. El monarca español Fernando el Católico lo apresó; logró escapar en 1506 y se refugió en la corte de Navarra, donde falleció en oscuro combate, luchando contra un grupo de rebeldes.