En ejercicio de la regencia, Borís pasó a ser el hombre más poderoso de Rusia. Creó el patriarcado de Moscú e independizó la Iglesia Rusa del patriarca de Constantinopla. Se atrajo a los boyardos (nobles) con la proclamación de un "úkase" que convirtió virtualmente a los campesinos en siervos feudales. Completó la conquista de Siberia y alentó su colonización; fundó Tobolsk y consolidó la defensa del país contra la invasión de los tártaros, fortificando Kursk y otras plazas importantes. Se lo acusó de haber propiciado el asesinato de Demetrio, el hijo menor del zar Iván y legítimo heredero de la corona; este hecho motivó que la nobleza intentase, en 1584, una fallida conspiración.
Al morir Fiódor en 1598, desapareció la dinastía Rurik, y los boyardos ofrecieron el trono a Borís, quien fue nombrado Zar. Una de las primeras medidas que tomó fue desterrar a los Románov. Continuó las reformas que había iniciado como regente, se esforzó por atraer a Rusia a sabios, intelectuales y artistas extranjeros, y fundó la Universidad de Moscú.
Tras derrotar a Suecia en 1595, Rusia entró en un período de gran convulsión social. Para asegurar la mano de obra necesaria en un momento de crisis demográfica, Borís reconoció a los terratenientes el derecho de persecución sobre los campesinos fugitivos, y retiró a estos el derecho a cambiar de amo. Ello dio lugar a numerosas y sangrientas revueltas campesinas. En el último año de su reinado, Rusia fue asolada por el hambre y la peste. En 1604, un usurpador que pretendía ser el asesinado Demetrio, consiguió captar muchos partidarios y lanzó el país a la guerra civil. Aunque su pretensión falló, el zar Borís perdió la vida en la lucha.
La ópera de Mussorgski, con libreto basado en el drama de Pushkin, presenta todo un estudio de la psicología rusa; Godúnov, para mantenerse en el poder, hace asesinar a Demetrio. El núcleo dramático de la ópera está formado por los remordimientos que experimenta durante el resto de su vida.
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