Proclamado emir, arreció las luchas contra los cristianos y logró la victoria de Ajarquía; pero sus ejércitos sufrieron una gran derrota en Lucerna, y el propio Boabdil cayó prisionero. El poder en Granada pasó entonces a manos del hermano de su padre, el Zagal, señor de Málaga.
Para fomentar la discordia entre los musulmanes, los Reyes Católicos pusieron en libertad a Boabdil bajo la condición de que les rindiese vasallaje, y le facilitaron el regreso a Granada. Durante la guerra civil que se desarrolló entre las distintas facciones moras de 1483 a 1487, Boabdil estableció su corte en Almería. Tuvo que abandonar esa ciudad y buscar nuevamente la protección de los Reyes Católicos, ante los avances de al Zagal, que era aclamado en Guadix.
La muerte de su padre y la derrota de su tío lograda por los cristianos en Vélez-Málaga, permitieron a Boabdil tomar la Alhambra y convertirse en único señor de Granada. La división y debilidad musulmanas fueron aprovechadas por los castellanos para avanzar sobre el reino nazarí, conquistando Málaga y Marbella en 1487, Almería y Guadiz en 1489, y Baza en 1490, y poniendo sitio a Granada ese mismo año. Los cristianos bloquearon la vía de comunicación de la ciudad por el río Genil y levantaron la fortaleza de Santa Fe en 1491, impidiendo todo tránsito de alimentos. Ante el hambre de sus súbditos, Boabdil decidió rendirse. En 1492 los cristianos entraron a la ciudad y, bajo condiciones honrosas, permitieron que el rey moro continuase allí; pero posteriormente fue confinado a las Alpujarras, por lo que decidió abandonar España.
La leyenda atribuye el siguiente episodio al desdichado Boabdil: al retirarse de Granada, justamente por el paso que hoy se llama el Suspiro del Moro, mirando desde lo alto toda la belleza de Granada, no pudo contener el llanto; entonces su madre Aixa le dijo: "¡No llores como mujer lo que no supiste defender como hombre!". En 1493, Boabdil se trasladó a Fez, donde encontró la muerte luchando contra los jarifies en la batalla librada en el Vado de Bacuna.
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