El Sudoku existe, aunque con otro nombre, desde 1979, cuando lo creó Howard Garnes, un desarrollador de pasatiempos o puzzles , bajo el nombre de Number Place.
En su momento se empezó a publicar en la revista Dell Pencil Puzzles and Word Games (que todavía lo ofrece en varias versiones).
Con los años, este juego llegó a Japón por medio de la empresa Nikoli, que lo empezó a publicar en el periódico Monthly Nikolist en abril de 1984 bajo un muy complicado nombre que significaba algo así como "los números están solos" o "los números son solteros". Más tarde, el nombre se abrevió a Sudoku (pues "su" significa número, y "doku"significa soltero o solo).
En 1986, el Sudoku se modernizó porque se definió que no se podían dar más de 30 pistas por juego y porque el puzzle se hizo simétrico.
Desde entonces, el juego se masificó en Japón y se hicieron versiones para computadora y para PDA. Pero la "explosión" en la popularidad del Sudoku estaba por llegar.
El furor ocurrió el año pasado, cuando, tras seis años de trabajo, Wayne Gould creó un programa de cómputo que crea juegos de Sudoku. Gould, un juez neozelandés que vive en Hong-Kong, se alió con el periódico Times, de Londres, para publicar el Sudoku en ese medio, y desde noviembre del 2004, su popularidad creció como la espuma.
No solo otros medios británicos empezaron a publicar juegos de Sudoku, sino que periódicos de otros países también se interesaron. Hoy, Gould provee juegos de Sudoku a 194 periódicos de todo el mundo, entre ellos, al Boston Globe y al Washington Post (EE.UU.), al Corriere della Sera (Italia), a El País (España) y a Le Figaro (Francia).