Mejía fue jefe de Estado en 1983-1986, luego de derrocar mediante un golpe al también general y presidente de facto José Efraín Ríos Montt.
El exmilitar padecía las secuelas de un derrame cerebral que lo dejó incapacitado mental y físicamente para un juicio, según determinaron los médicos forenses en el 2011.
Mejía había sido acusado por el Ministerio Público de delitos de lesa humanidad y genocidio, pero tras el derrame cerebral sufría afecciones cardiovasculares, una infección pulmonar, problemas de colon e incapacidad para comunicarse, de acuerdo con los resultados de los exámenes médicos.
Según la Fiscalía, Mejía era uno de los responsables de perpetrar la masacre de 264 personas en Plan de Sánchez, en el departamento de Baja Verapaz, en 1982.
Además, también se le vinculaba con otro hecho en el área Ixil, donde habrían ocurrido 11 masacres que dejaron más de 1.000 muertos.
Durante su gobierno de facto, Mejía convocó la Asamblea Nacional Constituyente, que modificó la Constitución Política de la República, vigente hasta hoy.
Bajo su mando se convocó elecciones libres y el 14 de enero de 1986 traspasó el poder al primer presidente de la era democrática: Marco Vinicio Cerezo Arévalo.
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