Después de dos años de investigación, el juez de la Audiencia Nacional Eloy Velasco hizo público un auto de procesamiento, el paso previo a la apertura de juicio en España.
Velasco libró órdenes de busca y captura internacional contra 20 personas supuestamente implicadas en los hechos. Entre ellos, se encuentra el exministro de Defensa salvadoreño Humberto Larios.
Los jesuitas, cinco de ellos españoles, y las dos trabajadoras fueron asesinados en noviembre de 1989 por soldados que irrumpieron en el campus de la Universidad Centroamericana José Simón Cañas (UCA) en San Salvador durante una ofensiva guerrillera.
El juez Velasco inició la investigación en enero del 2009 tras admitir una querella presentada por la Asociación Pro Derechos Humanos de España y la organización estadounidense Center For Justice & Accountability (Centro para la Justicia y la Rendición de Cuentas, con sede en San Francisco) con el apoyo de familiares de las víctimas.
En la querella también se acusaba al expresidente salvadoreño Alfredo Cristiani de encubrimiento, pero Velasco decidió no procesarlo.
Algunos de estos militares fueron juzgados en 1991 por la masacre, pero la mayoría fueron absueltos. Poco después, tras el final de las negociaciones de paz entre el gobierno y el FMLN (Frente Farabundo MartÍ para la Liberación Nacional), una ley de amnistía promulgada en 1993 enterró definitivamente el caso que ahora ha reabierto España.
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