Durante casi 50 años escribió una columna semanal para publicaciones católicas, provocó controversia con sus críticas al énfasis del papa Juan Pablo II sobre ortodoxia, y abogó por un cambio. Además, McBrien habló a favor de los métodos anticonceptivos, la ordenación de mujeres y el celibato opcional para sacerdotes.
McBrien fue buscado por periodistas en busca de comentarios respecto a la Iglesia católica romana, y fue uno de los miembros más ampliamente citados desde que se unió a Notre Dame (1980). Escribió 25 libros, de los cuales los más populares fueron Catolicismo , Vidas de los santos y Vidas de los papas .
A McBrien se le preguntó en 1986, cuando hablaba a favor de la ordenación de mujeres, si temía castigo luego de que el Vaticano prohibiese al sacerdote Charles Curran, de la Universidad Católica de América, enseñar como teólogo católico por lo que la Iglesia calificó como “su reiterado rechazo a aceptar ciertas enseñanzas”. “¿Parezco temeroso de hablar abiertamente?”, replicó.
Su libro Catolicismo fue criticado por obispos de EE. UU. en 1985 y 1996, alegando que había presentado algunas enseñanzas católicas fundamentales como un punto de vista entre muchos, en lugar de como puntos de vista categóricos de la Iglesia.