Tras la mayor tragedia ferroviaria en la historia del país ocurrida el 14 de marzo de 1926 en el puente sobre el río Virilla, otros aparatosos sucesos donde los trenes han sido protagonistas han enlutado y alarmado al país entero.
Aquel 14 de marzo fallecieron 300 personas que viajaban de Alajuela y Heredia hacia Cartago en un viejo tren sobrecargado, cuyo último vagón se descarriló, jalando consigo los dos anteriores que fueron a dar a la pendiente, provocando que sus ocupantes cayeran sobre las piedras en el cañón del río.

El 21 de marzo de 1970, dos locomotoras colisionaron de frente a la altura de Poncho Mora, en Atenas, en esa ocasión no se tuvo reporte de fallecidos pese a lo fuerte del impacto.
En 1998, cuando el servicio de pasajeros aún no había sido reestablecido oficialmente, un tren que realizaba recorridos con material para la construcción de un puente en Río Segundo de Alajuela, fue chocada por una buseta de la ruta Heredia-San José, que se saltó el alto en un cruce ubicado cerca del sector de El Pirro.
En esa ocasión una mujer perdió la vida y otras 24 personas resultaron heridas. Tres años después el conductor de la buseta fue sentenciado a tres años de prisión.

El 27 de noviembre de 2013 se dio el primer choque frontal entre dos locomotoras desde que se reactivó el servicio. El accidente se produjo en un cruce de trenes situado en las cercanías de El Tajo en Metrópolis II de Pavas.
En esa ocasión las autoridades reportaron la atención de al menos 50 personas con golpes y trasladaron a siete heridos. Ese accidente fue atribuido a un error de coordinación entre los maquinistas.


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