Una nueva “variante tica” del SARS-CoV-2 (virus causante de la covid-19) muy diferente (genéticamente hablando) a la que tuvimos en 2021 dio origen a unclúster en la zona sur de nuestro país.
Al pasado 25 de junio, el Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición y Salud (Inciensa), ente encargado de coordinar el análisis genómico del virus, había contabilizado 129 casos.
Se trata de un linaje recombinante, es decir, una combinación de características genéticas de dos “subvariantes” que ya estaban aquí anteriormente. Cuando un sublinaje muestra componentes de dos anteriores se le llama recombinante.
“Inciensa logró demostrar que este linaje recombinante es diferente de otros que se han reportado internacionalmente. Esta variante fue identificada inicialmente en Costa Rica, de donde provienen la mayoría de secuencias disponibles hasta el momento, pero también ha sido detectada en otros países como Estados Unidos y Panamá”, destacó el informe.
El nuevo linaje fue bautizado como la variante recombinante XAF y tiene componentes de las subvariantes BA.2.9 y BA.1.1.
“Se ha transmitido principalmente en la zona sur del país en los cantones de Coto Brus, Pérez Zeledón, Buenos Aires, Corredores y Osa. En los últimos días se han detectado casos en Heredia, San José y Limón.
El microbiólogo especialista en bioninformática José Arturo Molina, quien es parte del grupo de la Universidad de Costa Rica (UCR) que acompaña al Inciensa, detalló que hasta el momento se desconoce cuánto se ha reportado en Panamá, especialmente en la zona fronteriza con nuestro país.
“Es probable que sea muy común en toda esa región y se traslape con una buena porción del país vecino, pero no lo sabemos porque no tenemos acceso a los datos panameños de forma tan fácil”, expuso Molina.
El Inciensa indicó que también se han detectado cinco casos de otro linaje recombinante entre BA.2 y BA.1 similar, pero no igual, a otro recombinante llamado XQ. Las características de este linaje siguen en estudio.
“Reportar recombinantes propias de un país es normal. Es de hecho, lo esperable cuando las personas no tienen una movilidad muy amplia ni se movilizan muy constantemente fuera de una región”, recalcó Molina.
¿Cómo es esta variante?
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XAF se reportó por primera vez en abril pasado, cuando se decía que era “similar” a XE, otra variante que estaba en estudio. Análisis posteriores confirmaron que se trataba no solo de una variante distinta a XE, sino que sus características genéticas no se habían reportado en otro lugar y por tanto eran nuevas para la ciencia.
“Del Iniciensa me pidieron verificar y efectivamente no hay coincidencia. Y las diferencias no solo estaban en una región muy pequeña. No podía ignorarse. De ahí que se decidió enviarla a estudiar por parte de la comunidad internacional que asigna los linajes y ahí fue que se aprobó como un linaje de origen independiente”, manifestó Molina.
El que se ha una subvariante un sublinaje detectado en nuestro país no es señal de mayor transmisibilidad ni gravedad, simplemente tiene una genética diferente.
El bioinformático comentó que muy probablemente el clúster en esa zona se deba a que hay pocos movimientos hacia otras zonas dentro y fuera del país, y que posiblemente, aunque ya se ve en otras regiones, no se esparza mucho porque “competirá” con variantes más transmisibles, como la BA.4 y la BA.5.
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Recombinación es un fenómeno común
En unaentrevista anterior, el microbiólogo Hebleen Brenes, encargado del evento del SARS-CoV-2 en el Centro de Referencia de Virología del Inciensa, explicó que la recombinación es un mecanismo natural que forma parte de la evolución de los virus y de sus estrategias para subsistir y transmitirse.
“Es algo que uno espera, y pasa mucho en los coronavirus, se vio en el SARS y MERS. La recombinación es un evento normal”, señaló Brenes.
Tom Peacock, virólogo del Imperial College en Londres, comentó que este fenómeno de recombinación se da cuando dos virus pertenecientes a diferentes sublinajes “conviven” dentro de una célula, la maquinaria de replicación viral podrá “cambiarse” al otro virus y esto resultará en una mezcla de ambas.
Brenes especificó: “cuando se está haciendo la copia, la ‘maquinaria se confunde’ y se termina creando un híbrido, porque estaban los dos virus al mismo tiempo en la misma persona. Es como si ‘saltara’ a otro virus y copiara un pedacito”.
Ese híbrido continúa replicándose y luego se transmite de una persona a otra. En el mundo ya hay cerca de 30 diferentes recombinantes.
“Desde que comenzamos a ve que habían subtipos de versiones del virus, que llamamos variantes y subvariantes, vimos que podía suceder que a una persona le llegaran dos versiones de virus. Por ejemplo, que en su momento le llegara una, y, no necesariamente al mismo tiempo, pero sí antes de que el cuerpo eliminara del todo al virus se volvió a infectar. Ahí es donde este escenario podía suceder. En algunos casos, una versión del virus prevalecerá sobre otra, pero en otros sí podrían recombinarse“, expresó Molina.
Molina y algunos de sus colegas quisieron estudiar cuán común es el fenómeno de una coinfección o recombinación en Costa Rica. Este trabajo lo comenzaron a mediados del año pasado y fue publicado en junio pasado en la revista Scientific Reports.
Se hizo una evaluación con más de 1.000 pacientes en el momento en el que se circulaba delta y ómicron. En ese momento no pudieron recabar un solo caso con versiones de delta y la primera versión de ómicron.
“Ómicron nos obligó a hacer más análisis para someter a más muestras ahora que había mayor variedad genética. Justamente lo que vemos reflejado hoy con las recombinantes es producto de esa investigación entre Inciensa y la UCR”, concluyó.
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