Pese a haber sido formado en las ligas menores del Deportivo Saprissa y haber jugado durante cuatro torneos con los tibaseños, fue vistiendo la camiseta morada que Víctor Núñez consiguió la menor cantidad de goles con los equipos que ha militado.
Campeón goleador en el entonces recién creado torneo de Alto Rendimiento, el Mambo llegó al primer equipo morado en la temporada 1999-2000.
Fue ahí donde Alexandre Guimaraes lo hizo debutar en la máxima categoría, con 19 años; sin embargo, se despidió de aquel torneo sin anotar un gol.
Tras la salida de Guimaraes del banquillo morado, Núñez fue descartado por el peruano Miguel Company y se marchó a préstamo a Limonense.
El calor caribeño le sentó tan bien al prometedor delantero que durante un torneo se convirtió en el máximo goleador del certamen, con 20 anotaciones.
Su excelente papel con la Asodeli le permitió regresar al Saprissa para el torneo de Clausura 2000-2001; sin embargo, vio muy poca acción ese año y, a principios del 2002, el técnico Patricio Hernández lo envió a préstamo sin haber anotado con la “S”.
Santa Bárbara fue su nueva casa para el Clausura 2001-2002 y ahí volvió a ser figura. Con Kenneth Vargas conformó una dupla letal que le permitió marcar 17 goles y hasta le abrió las puertas para hacer una prueba en Italia.
Nada se concretó en el extranjero y regresó al Saprissa para el torneo siguiente.
Fue en su tercera campaña con los morados que logró ver la red.
El 29 de setiembre del 2002 le anotó a San Carlos el primero de los diez goles que conseguiría vestido de morado y blanco.
Sin embargo, en junio del 2003, la relación del Mambo con Saprissa se debilitó a tal punto que ese mismo mes se marcharía para comenzar su peregrinar por Alajuelense (38 goles), Cartaginés (28), Liberia (33) y Herediano (50).