En el 2007, la Contraloría General de la República encontró múltiples casos de pagos ilegales en el MEP, debido al anterior sistema de retribuciones.
Pensionada. A una funcionaria que se jubiló en diciembre de 1997 se le siguieron pagando salarios hasta la segunda quincena de 2006, por ¢17 millones.
Renunció. Una profesora de Español nombrada en 2005 renunció de inmediato. Sin embargo, el MEP le pagó sueldos, incentivos, aguinaldos y salario escolar hasta junio del 2006, por un monto total de ¢19 millones.
Fantasmas. Se utilizaron números de cédula de personas fallecidas para tramitar pagos, pese a que su número de cédula no aparecía registrado en el archivo maestro de empleados del MEP.
No llegaron. La Contraloría comprobó que a seis docentes se les pagó en el 2007 salarios por un monto superior a los ¢6 millones, pese a que no se presentaron a laborar durante el curso lectivo .
Sin control. Se les pagó incentivo escolar, por laborar 200 días, a 168 funcionarios que estaban con permisos sin goce de salario. La Contraloría evidenció que la Dirección de Personal del MEP no ejercía control ni realizaba verificaciones previas a la generación de la propuesta definitiva de pago.
Extranjeros. Se realizaron pagos a funcionarios utilizando números de cédula de residencia que no se encontraron registrados en la base de datos de empleados del MEP. Algunas cédulas estaban vencidas desde hacía 6 años. En total, con 541 números de cédula distintos se enviaron fondos a 267 cuentas bancarias.
Exempleada. Con datos de una funcionaria que tenía permiso sin goce de salario, se le pagó a otra persona que había estado nombrada en el MEP años atrás, pero ya no era empleada de la entidad.
Sumas cuantiosas. En total, se identificaron 23 casos de posibles sobregiros superiores a los ¢4 millones que sumaban ¢137 millones, la mayoría (¢72 millones) pagada a funcionarios inactivos.
Pagos a particulares. La Contraloría encontró que se les giró ¢10 millones a cuatro personas que no trabajaban en el MEP.
Dos cédulas. Hubo casos de sobregiros por ¢7 millones para un funcionario que aparecía en el sistema con dos números de cédula distintos y dos nombramientos. Pese a que el banco devolvía el dinero girado por las inconsistencias del número de cédula, el MEP sí pagó las cuotas obrero-patronales por concepto de esas sumas que correspondían.