18 de junio del 2015
10 personas resultaron heridas luego de que un bus de una ruta herediana chocara con el tren en el cruce de el Pirro. El impacto provocó que uno de los vagones se descarrilara.
19 de febrero de 2016
A las 5:37 a. m., sobre calle El Tajo, en Pavas, el tren impactó a una vagoneta. El chofer sufrió traumas múltiples.
1 de marzo de 2016
El primer tren que salió ese día de San José hacia Heredia se encontró con una vagoneta a las 4:03 p.m., en Rincón de Ricardo (San Pablo de Heredia). El accidente provocó la suspensión de los siguientes viajes.
15 de marzo de 2016
Un camión cargado con cilindros de gas que se trasladaba hacia la estación del Pacífico. El tren tuvo que ser llevado al taller del Incofer para ser reparado.
28 de junio del 2016
Un motociclista y su acompañante resultaron heridos, la luego de chocar contra el tren a las 5.33 a.m. en Plaza Víquez, San José.
10 de enero del 2017
Dos mujeres que viajaban en un Toyota Hilux resultaron golpeadas luego de chocar contra la locomotora del tren y ser arrastradas por 20 metros, a las 7 p.m. en Sabana Sur. Sólo sufrieron golpes leves.
