Irene Rodríguez.   27 enero
Los análisis genómicos fueron diseñados por un equipo integrado por especialistas de distintas instituciones. El Inciensa es una de ellas. Imagen con fines ilustrativos. Fotografía: Jonathan Jiménez Flores para Grupo Nación.

En diciembre pasado, un grupo de científicos costarricenses señaló que había una variante del SARS-CoV-2, virus causante de la covid-19 que era muy escasa en el mundo, pero muy común en Costa Rica, como dio a conocer La Nación en aquel momento.

Hoy, con más análisis realizados, los científicos indican que entre setiembre y noviembre la presencia de esta variante se duplicó y pasó de estar en el 14,5% de los genomas analizados a estar en el 29,2%.

Para poner en dimensión las cosas, esta variante solo se ve en el 0,08% de los genomas analizados a nivel mundial. El 25,3% de los reportes de esta variante en todo el mundo provienen de Costa Rica.

A nuestra variante la caracteriza una mutación llamada T117I. Esta se encuentra en una proteína clave del virus, llamada espícula o espiga (spike o S, en inglés).

Estas conclusiones se toman de un análisis con 185 genomas del virus de personas provenientes de diferentes partes del país.

Un análisis genómico estudia al virus gen por gen, y con base en eso, se ve si hay cambios (mutaciones) en su composición.

Los investigadores recuerdan que esta variante viral tica no es algo de lo que debamos preocuparnos. No existe evidencia de que sea un tipo de virus que se transmita más fácilmente, ni que provoque manifestaciones más graves; tampoco que sea más mortal ni que esté relacionada con menos inmunidad después de recuperarse.

Tampoco hay evidencia de que vaya a provocar problemas de efectividad de pruebas diagnósticas y vacunas.

“Las predicciones que hemos hecho con modelos matemáticos no nos indican que algo así vaya a suceder”, subrayó Jose Arturo Molina Mora, microbiólogo y doctor en Bioinformática que coordinó esta publicación y la de diciembre.

Simplemente, se trata de un hallazgo científico que confirma que de los virus que circulan en Costa Rica hay una “familia” que cada vez es más común. Aunque esta “familia” sigue sin ser la más común de las que tenemos.

La mutación T117I está en el 29,2% de los genomas estudiados, pero hay otras, como la D614G que está en el 99%. Sin embargo, esta última mutación es muy común en el resto del mundo.

Lo que impacta de la T117I es que muy pocos países la han reportado, entre ellos Alemania (primer país en reportarla), Colombia, Malasia y Australia, pero no lo hacen en la medida vista en nuestro territorio.

Los resultados de esta investigación preliminar preimpresa (o preprint) se encuentran disponibles en la plataforma bioRxiv. El hallazgo aún no ha sido revisado por pares (expertos en la materia que sopesan el documento y envían sus dudas para garantizarse el peso de la evidencia), por lo que los investigadores ticos continúan estudiando. Estos datos se consideran preliminares.

Otro aspecto relevante de este análisis es que no se ha demostrado la presencia de variantes que sean consideradas como más transmisibles, como las emergidas en Reino Unido, Sudáfrica o Brasil.

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¿Qué sabemos de esta variante tica?

Hoy sabemos que, por alguna razón, tiene la particularidad de aumentar su presencia en el país. Sin embargo, esto no quiere decir que sea más contagiosa. Esto no se ha demostrado así y no hay factores que lo indiquen.

El primer análisis tomó muestras de mayo a setiembre, este nuevo análisis tomó las 138 estudiadas en el primer reporte y le agregó 47 más de personas contagiadas entre octubre y noviembre. Allí fue donde se vio un aumento del doble en la presencia del virus, pues el análisis a setiembre mostraba una presencia del 14,5% y el que hizo corte en noviembre ya mostraba el 29,2%.

Ellos encontraron 283 mutaciones. Cada muestra analizada tenía entre tres y 22 mutaciones.

El análisis pasado mostraba 117 mutaciones, y cada muestra tenía entre cuatro y 18.

La mayoría de las mutaciones se encontraba en una sola muestra. Solo 16 eran tan comunes como para estar en el 5% de los genomas analizados y solo 2 estaban en más del 50%.

Sin embargo, lo que llama la atención de la T117I es su rápido crecimiento. Esta nunca se vio en los análisis de mayo, apareció por primera vez en junio, y solo se vio en el 6,3% de los casos. Para setiembre ya estaba en el 14,5% y para noviembre en el 29,2%.

“La variante T117I en la espícula debe ser monitoreada de cerca para saber si llega a ser la de circulación predominante en nuestro país. Aunque su relevancia en este momento es puramente biológica y se desconoce un posible impacto clínico”, cita el reporte.

Este gráfico muestra la evolución de esta variante entre mayo y noviembre del año pasado.

La mutación clave de la variante tica está en una proteína muy importante dentro del virus. La espícula está en la superficie del virus y es la encargada de darle su forma de corona. La spike es la llave para entrar a las células humanas e infectarnos.

La posición que tiene esta mutación en la proteína sí lleva a cambios en S, pero no hay evidencia de que sean trascendentales para su acción en el cuerpo de las personas.

¿Por qué sería tan común esta variante en nuestro país? “Podría ser algo casual y de comportamiento social, pero también la genética de cada población podría determinar la infección y los factores de fondo”, señaló Molina.

“Es una tríada: el virus, la persona, el ambiente. Entre más nos movamos, más puede reproducirse una mutación. En agosto había más libertades que en mayo, por ejemplo. Pero si yo recibo un diagnóstico y me aíslo, seguramente no le pase mis mutaciones a nadie más”, añadió.

¿Cómo se estudia una variante?

Desde hace meses, los profesionales costarricenses de la UCR y del Instituto Costarricense de Investigación en Nutrición y Salud (Inciensa) se han dedicado a secuenciar el genoma de distintas muestras del virus en el país.

Ahora que se tiene una variante “de interés” esta se monitorea más de cerca.

Secuenciar el genoma es conocer al virus “por dentro”, descubrir la totalidad de su material genético. Conocer su “huella digital”.

Imaginemos que el SARS-CoV-2 es un libro en forma de cadena curva y está compuesto por 30.000 letras que definen su material genético. Esta cadena está constituida por una combinación de los siguientes caracteres: A, C, G, U.

Nosotros queremos leer ese libro, pero está en un idioma que no conocemos.

“Los dispositivos actuales no pueden leer todo el genoma completo, pueden leer partes fraccionadas e ir poco a poco. Leen pequeños pedacitos, como si fueran piezas de rompecabezas y luego deben construirse. Una vez con el rompecabezas armado, se puede leer el libro”, explicó en una entrevista anterior Allan Orozco, director de Red Centroamericana de Bioinformática y miembro del Consejo de Bioinformática Clínica del Ministerio de Salud.

Una vez que se tienen diferentes libros traducidos (es decir, diferentes muestras de virus con su genoma codificado) se puede ver si hay cambios. ¿Cambiaron algunas palabras, o hay cambios incluso en párrafos o páginas completas que dan origen a nuevas variantes?

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¿Cómo se obtienen las páginas de ese libro? De cada hisopado que se le realiza a una persona y es guardado en laboratorio se toma una muestra de donde se extrae el ARN del virus (allí es donde guarda la información genética) y se decodifica.

Los primeros genomas fueron codificados a finales de abril. A diciembre, estos números se acercaban a los 200.

Conforme más información se tenga al pasar el tiempo, mejor se verá cómo cambia el virus dentro de nuestro país.

Esto también habla de la dinámica de la población y de las características del virus, de la población y de cómo interactúan.

¿Por qué los virus ‘crean’ variantes?

Jose Arturo Molina es el autor principal de la investigación. Fotografía: Laura Rodríguez

Las variantes en los virus son lo más normal, pues estos pasan en constante mutación. En la gran mayoría de los casos, estos no modifican ni los síntomas, ni su agresividad, ni la letalidad del virus ni lo hacen más contagioso.

Al replicarse (producir copias de sí mismo) para subsistir se producen “errores” que hacen que esa copia no sea idéntica sino que tenga cambios en su genética.

“Es como hacer una fotocopia, de una fotocopia, de una fotocopia, de una fotocopia... si ves cada hoja fotocopiada tal vez entre una y otra no vayás a ver cambios, pero sí son diferentes. Cuanto más distante esté una copia de otra menos van a parecerse”, señaló en una entrevista el virólogo costarricense Christian Marín Müller.

Los científicos aclaran que no es momento de preocuparnos por la variante, pero sí de seguir manteniendo la guardia de lo que debemos hacer: variante o no, el virus es muy contagioso.

“Covid-19 sigue dependiendo de los factores de riesgo. Hay que seguir tomando las medidas. Indistintamente si a mí me va a llegar la versión GH, GR o G del virus, debemos prevenir la infección, en especial las personas de alto riesgo”, concluyó Molina.