Irene Rodríguez. 2 octubre
Así se ve el SARS-COV-2, causante del covid-19 en un microscopio. Científicos de todo el mundo buscan una vacuna contra este patógeno. Fotografía: CDC
Así se ve el SARS-COV-2, causante del covid-19 en un microscopio. Científicos de todo el mundo buscan una vacuna contra este patógeno. Fotografía: CDC

El Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición y Salud (Inciensa) y la Universidad de Costa Rica (UCR) presentaron los resultados del análisis del genoma del virus SARS-CoV-2, causante de la covid-19 a 70 personas (52 hechos por Inciensa y 18 por UCR).

¿Cómo es exactamente el nuevo coronavirus que circula en Costa Rica? ¿Su estructura genética se parece más a la vista en qué lugar del mundo? Esas son las preguntas que se busca responder con el análisis genómico.

¿En qué consiste? Pensémoslo como conocerlo íntimamente a fondo, gen por gen. Para ello se secuencia y analiza todo su genoma (la totalidad del material genético).

¿Por qué se hace? Es una forma de “conocer al enemigo”. Si se sabe cuáles son los linajes (o familias, o grupos similares) del virus esto puede ayudar a la toma de decisiones en salud pública.

Antes de ver lo que nos dicen es necesario tomar en cuenta dos salvedades. La primera es que este análisis tomó en cuenta al virus de 70 personas de las diferentes provincias de nuestro país, lo que representa al 0,09% de los casos reportados hasta el momento.

Además, esto se hizo en dos épocas muy puntuales: en las semanas epidemiológicas de la 10 la 17 (entre principios de marzo y finales de abril) y luego entre las semanas 23 y 27 (en el mes de julio) y no representan posibles características de un virus que circule en este momento.

Por ello, esto no puede tomarse como resultados concluyentes, pero sí nos indican cosas importantes. Por un lado, que Costa Rica cuenta con el talento y la capacidad de realizar paso a paso este análisis desde cero. Por otro, estos datos sirven de punto de partida para un análisis más riguroso con los virus que se están secuenciando en este momento.

Además, ya se cuenta con más datos de los que se tenían el 30 abril, cuando se anunciaron los primeros análisis genómicos del virus que infectó a seis personas.

También hay datos de otros países que nos ayudan a poner las cosas en perspectiva. Francisco Duarte, coordinador del Laboratorio de Genómica del Inciensa, dijo a La Nación que en otros países con más población, más casos y más recursos solo manejan también han realizado análisis genómicos de una fracción muy pequeña de las muestras, dado que se requiere no solo de un alto nivel de especialización, si no que los reactivos son costosos.

“En Argentina se han hecho 400 genomas (este viernes se anunciaron 765.002 casos acumuados, unas diez veces las de Costa Rica), en Colombia 128 (841.531 casos acumulados) y en Perú 230 (818.297 confirmados)”, expresó el científico.

Siete linajes, tres prioritarios

Los análisis indican que, para las muestras estudiadas, se encontraron siete linajes o familias del virus.

De ellas hay tres prioritarias, que son denominadas B1 (con el 49% de las muestras estudiadas), B1.5 (con el 21%) y B1.1 (con el 19%). Según explicó Duarte, este B1.1 es el que comenzó a verse después, y resultó más presente en lo estudiado en julio.

                       
       
           
           

Conocer al enemigo

           

No todos los virus causantes de covid-19 son genéticamente idénticos, saber cuál o cuáles circulan en Costa Rica es de mucha utilidad de cara a futuras vacunas o tratamientos muy específicos.

       
                       
                         
       
                       
                       
       
               
           

FUENTE: Nextrstrain, Christian Marín, virólogo; Allan Orozco, bioinformático    || JUAN CARLOS ALPÍZAR Y WILLIAM SÁNCHEZ,INFOGRAFÍA / LA NACIÓN.

       
           

El científico añadió que las mutaciones (cambios del virus en su genética) mostradas hasta el momento son muy pocas; solo se ven de 6 a 11. También se analizaron los virus presentes en personas que fallecieron, pero no se encontraron diferencias.

“Son mutaciones muy similares a las vistas en el resto del mundo. Ninguna está relacionada con una mayor agresividad del virus”, manifestó Duarte.

La mutación más presente es la llamada d614g. Duarte confirmó que ninguna de las mutaciones vistas en suelo nacional hasta el momento están relacionadas con zonas que pudieran cambiar la eficacia de las pruebas de detección por PCR (que buscan si hay porciones del ARN del virus, lugar donde este guarda su información genética).

‘Huella digital’
                       
       
           
           

Desarmar al enemigo

           

Para conocer cuál cepa está en Costa Rica (o si están ambas) debe secuenciarse el genoma del virus, es decir, la totalidad de su información genética.

       
                       
                         
       
                       
           

El genoma nos indica toda la “huella digital” del virus muy detallada y esto permitirá tomar mejores decisiones.

Allan Orozco, director de Red Centroamericana de Bioinformática y miembro del Consejo de Bioinformática Clínica del Ministerio de Salud, hace una analogía de que se trata de traducir un libro en un idioma desconocido para poder leerlo.

“El nuevo coronavirus tiene un libro en forma de cadena curva y está compuesto por 30.000 letras que definen su material genético. Esta cadena está constituida por una combinación de los siguientes caracteres: A, C, G, U. Ese texto tiene una longitud de unas siete páginas tamaño carta con letra courier 10 a espacio sencillo. Debemos leer ese libro para conocer el genoma”, indicó el bioinformático.

Y añadió: “pero los dispositivos actuales no pueden leer todo el genoma completo, pueden leer partes fraccionadas e ir poco a poco. Leen pequeños pedacitos, como si fueran piezas de rompecabezas y luego deben construirse. Una vez con el rompecabezas armado, se puede leer el libro”.

¿Por qué esto es importante?

La información obtenida permite, por ejemplo, tomar decisiones a nivel de políticas públicas de salud. Como lo señala el Inciensa en un comunicado, la ventaja de tener la secuencia ofrece las siguientes ventajas:

  • Conocer la dinámica y la diversidad de la población viral, además de las rutas de transmisión en el país. Ver si su evolución y cambios son más lentos o más rápidos según lo visto en otros países o en zonas dentro del mismo país.
  • Contribuir a proveer información que permita seleccionar adecuadamente futuras vacunas.
  • · Robustecer las capacidades de análisis para la red nacional de laboratorios.
  • Brindar información relevante para el Ministerio de Salud y los organismos internacionales (OPS/OMS).
  • Asegurar la calidad de los diagnósticos de laboratorio, brindando información acerca de la variabilidad de los bancos genéticos utilizados en las pruebas moleculares para detectar el virus.
  • Realizar la vigilancia genómica viral en Costa Rica, sin depender del envío de muestras a otros países.
  • Establecer una plataforma para futuras colaboraciones con otros centros científicos nacionales y de otros países del mundo.