Flores aparece ya en el sitio web de Interpol, con sede en Lyon (Francia), que difunde su fotografía, datos personales, descripción física y los delitos de que se le acusa: peculado, enriquecimiento ilícito y desobediencia de particulares.
La Interpol acogió, por gestiones de la Policía Nacional Civil (PNC) de El Salvador, la orden de captura que la jueza Marta Rosales, del Juzgado Primero de Paz de San Salvador, emitió el pasado día 6 de mayo contra el exmandatario.
La Fiscalía acusó a Flores el 30 de abril pasado de peculado y enriquecimiento ilícito por un total de 15 millones de dólares en ayuda de Taiwán a su Gobierno (1999-2004) y por desobediencia por no comparecer de nuevo ante una comisión investigadora de la Asamblea Legislativa el 30 de enero.
Presunto paradero. Flores supuestamente se refugia en una casa de la expresidenta de Panamá, Mireya Moscoso, en punta Mala, en la costa del Pacífico central panameño .
Así lo denunciaron el presidente del Parlamento salvadoreño, Sigfrido Reyes, y el político panameño de oposición Mitchell Doens, quien dijo que el exgobernante pretende pedir asilo en Panamá .
Flores sostuvo en el 2013 ante la Comisión Especial de la Asamblea Legislativa que toda la ayuda que recibió durante su mandato fue entregada a los beneficiarios, negó que haya depositado cheques de la ayuda de Taiwán en cuentas bancarias y dijo que jamás existió beneficio personal de ningún tipo en el manejo de las cuentas.