La participación de Boris Marchegiani en la comercialización del petróleo venezolano a inicios del siglo, cuando la empresa estatal PDVSA sufría la confrontación entre sus trabajadores y el gobierno del presidente Hugo Chávez, desató la polémica en Caracas. Marchegiani había fundado, en 1999, la empresa Pepex, domiciliada en Florida, que permitía negociar el petróleo mediante una plataforma digital donde las partes, más allá de ofrecer y comprar, podían ajustar las condiciones hasta lograr un acuerdo. El empresario patentó el sistema en los Estados Unidos y lanzó la plataforma en el 2000.
En el 2003, cuando el paro de labores en PDVSA dejó a la petrolera sin su cuerpo de expertos en comercialización, Pepex llegó a mover al menos el 10% de las ventas venezolanas de crudo, según declaraciones de Rafael Ramírez, ministro de Energía y Minas citado por el periódico El Universal.
La polémica en torno a Marchegiani afloró por dos motivos. Primero, el considerable volumen transado por medio de Pepex se apartaba de la política anunciada por el Estado venezolano, que decía estar decidido a eliminar intermediarios para vender cada vez más a las refinerías y a consumidores finales en forma directa. Sin embargo, escribió El Universal, "el uso de Pepex constituye una excepción". "Por supuesto que ahí hemos puesto solamente un porcentaje de nuestra producción, máximo 10%. El 80% de nuestros contratos son a largo plazo. Ellos (Pepex) tienen una ventaja para nosotros y es que hacen una subasta y obtienes un mejor precio. Además, es un asunto transparente", dijo el ministro Ramírez en la misma publicación. Pero Ciro Izarra, ex gerente de Comercialización de PDVSA, se quejaba de que la comisión cobrada por Pepex se duplicó, en aquella difícil coyuntura, de $0,1 a $0,2 por barril.
La segunda arista de la polémica surgió de la contratación de Marchegiani para liderar y reestructurar la comercialización internacional de PDVSA, devastada por el conflicto entre sus empleados y el gobierno chavista. "Esto es un caso insólito de conflicto de intereses que sólo puede explicarse por la existencia de manejos oscuros en la comercialización", declaró Izarra, quien recomendó a PDVSA prescindir de los servicios del portal electrónico para evitar conflictos de interés. "Si estás obligando a tus clientes a utilizar la plataforma de Pepex, no puedes tener vínculos tan cercanos porque tarde o temprano eso puede acarrear demandas", afirmó.
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