Desde que se aprobó en el 2011, el Sindicato cuestiona el proceso de modernización institucional.
Argumenta que no hay estudios técnicos o soporte financiero, que se debilita la plataforma regional de servicios y el acompañamiento a los pequeños y medianos productores. Lo consideran una medida de reducción presupuestaria únicamente.
La Defensoría de los Habitantes analizó el documento de reestructuración aprobado por el Consejo y señaló algunas irregularidades. Declaró además que su implementación representa el desmantelamiento del CNP y solicitó la nulidad de los acuerdos al Ministerio de Planificación y a la Junta Directiva del CNP, pero eso no ocurrió, dice el Sindicato.
Además de la suspensión, el órgano judicial concedió audiencia al Consejo por el plazo de tres días hábiles contados a partir de la notificación. Debido a que el proceso fue avalado por el Ministerio de Planificación, el Estado también debe comparecer, según consta en el documento emitido por el Tribunal.