En la década de los años 80 los 49ers subieron de categoría para alcanzar el rango de icono de la NFL. Todo acuerpado bajo la leyenda del mariscal Joe Montana, ganador de cuatro Super Bowls para la franquicia.
Esa época gloriosa fue consumada con los títulos de las temporadas 88 y 89, en las que el equipo además de Montana contaba con un tal receptor llamado Jerry Rice, indiscutiblemente el mejor en su posición y posiblemente el mejor jugador de la historia.
Después llegó el título del 94, en el que Steve Young finalmente saldría de la sombra de Montana.
Desde entonces ha sido una lucha de reconstrucción para formar el equipo actual, sobrado de talento en la defensiva y con una ofensiva en desarrollo.